עגנון בן ה-25 עבד על הנובלה בסתיו 1911, בשבתו ביפו. הוא כתב את הסיפור ברצף, כשהוא עובד במשך ארבעה ימים, מארבע בבוקר ועד ארבע אחר-הצהריים, ניזון מלחם וזיתים, ואינו מרפה ממלאכת הכתיבה.
"מתי כותב אדם את הסיפור הטוב? בשעה שלא חשב כלל לכתוב אותו. זה נוצר בלבו מאליו. לפתע הוא מקבל כוויה, הצורבת ואינה מרפה, הוא מנסה לכתוב, וזה 'הולך'…", יאמר לימים עגנון בראיון.
עגנון מיהר להראות את הסיפור לרב הראשי של יפו והמושבות היהודיות, הרב אברהם יצחק הכהן קוק, שישב בשכונת נוה-צדק. הרב קוק התלהב מהסיפור ואמר עליו "זהו סיפור עברי באמת, נובע מן הצינורות בלא שום חציצה." עגנון, שהיה צמא לשמוע דעות על סיפוריו, בוודאי דעותיהם של מי שהוא החשיב כגדולים בספרות, החליט לשלוח את כתב-היד לחברו הטוב י"ח ברנר, שהתגורר אז בירושלים. ברנר נשבה כליל ביצירה ומיהר להכיר באיכותה הספרותית – לאחר שנים יכתוב המבקר ברוך קורצווייל על "והיה העקוב למישור" כי זוהי "יצירת נעורים מזהירה שכולה בגרות מתמיהה ושלמות אפית שאין למעלה ממנה"
לאחר קריאת כתב-היד, ברנר כינס חבורה של אינטלקטואלים בחדרו הקטן וקרא להם את הסיפור, יושב על ספת קרשים מתיבות נפט, והוא קורא שורה-שורה, כמי שקורא בספר תורה. הוא רצה להוציא אותו לאור כספר. נוצרה מחלוקת בין צדדים מעוניינים שונים. העיתונאי והסופר ר' בנימין רצה שברנר יפנה לסופר א"ל בן-אביגדור, עורך הוצאת "תושיה" בוורשה, שיוציא את הספר. יוסף אהרונוביץ' רצה לפרסם את הסיפור בהמשכים ב"הפועל הצעיר". הכול רצו חלק בפרסום "והיה העקוב למישור".
לבסוף, הושגה פשרה. תחילה יתפרסם הסיפור ב"הפועל הצעיר" ולאחר מכן ברנר יפרסם אותו כספר. הסיפור הופיע בשבעה המשכים, בין ינואר ומאי 1912. עבודת סידור הטקסט לדפוס נעשתה בבית-הדפוס של אהרן איתין ביפו. לוחות-הדפוס ששימשו לפרסום ב"הפועל הצעיר" שימשו את ברנר להפקת הספר, וכך הוא חסך חלק מההוצאות. מי שסידר את הספר לדפוס היה ר' מאיר אנשין שכונה גם ר' מאיר בראצלאבר, חסיד ברסלב, שעבד לצדו של ברנר. כפי שכתב גרשם שלום, השילוב בין השניים בישר את היחס ליצירה של עגנון מאז ועד היום: "בעיני ברנר היה סיפור זה יצירה ראשונה של ספרות עברית חילונית, שבה הפכה המסורת לאמצעי ביטוי אמנותי טהור… בעיני הסדר, מאיר בראצלאבר… היווה הסיפור התגלמות אמיתית של תורת החסידות ורוחה".
ברנר נזקק לסיוע כספי כדי להוציא לאור את "והיה העקוב למישור". מעבר לחיסכון שהשיג תודות לשימוש בסדר של "הפועל הצעיר", הוא חיפש בין חברי הקהילה הספרותית הארץ-ישראלית מקורות מימון כדי להשלים את דמי הקדימה לאהרן איתין, בעל בית-הדפוס. נרתמו לעניין האחים שלום וישעיהו שטרייט, חבריו של עגנון ובני-גליציה כמוהו. נוסף עליהם ר' בנימין (יהושע רדלר-פלדמן), שברנר הציע לו להיות שותף-משקיע בספר. ר' בנימין, עוד בן גליציה ממקורבי עגנון, הסכים לשאת במחצית ההוצאות, וביקש שהעותקים המודפסים יהיו עירבון להשקעתו.
תוך כדי פרויקט הפקת ספר הביכורים של עגנון, עלה הסופר הצעיר לירושלים. אולי כדי לספוג מדמויותיה הססגוניות, שילוב של ישן וחדש, אולי כדי לבקר את ברנר חברו, ואולי כדי לבלות ימים ארוכים בקריאה בלתי-פוסקת ב"בית נאמן", הספרייה הגדולה בעיר (שהייתה אחד הגלגולים הראשונים של בית הספרים הלאומי והאוניברסיטאי, לימים הספרייה הלאומית).
בירושלים מיהר עגנון להיפגש עם יוסף חיים ברנר. בחדרו הצר של ברנר, חלקו השניים לחם וזיתים וגבינה וקקאו, המשקה החביב על עגנון. אגב הארוחה, סיפר עגנון לברנר כי המדפיס איתין דורש עוד ארבע או חמישה פרנקים תמורת ההדפסה. ברנר לא אמר דבר. הוא נטל בידו איזה חפץ והזמין את עגנון לטיול רגלי. שני החברים הגיעו לחנות ליד שער יפו, ושם התבררה לעגנון מטרת הטיול. ברנר הניח כתפיות שקנה בחנות לא מזמן, וביקש לקבל בחזרה את תמורתן. אומר על כך עגנון: "עכשיו שהוצרך לארבעה-חמישה פרנקים לשם הוצאת ספר עברי החזיר את הכתפיות לחנווני וחזר לחגור עצמו ברצועתו הישנה והמרופטת…."
עגנון חותם את הסיפור במלים הבאות:
"בבקשה מכם הנמצא בזה איש שמוותר על עצמו בשביל ספר של אחר".
נכתב על סמך "חיי עגנון" מאת דן לאור, ו"גם אהבתם, גם שנאתם: ביאליק, ברנר ועגנון" מאת חיים באר.
