על אף מעלותיו הרבות, פתיחות דתית מעולם לא הייתה מעלה בה התברך הנשיא פרנקלין ד. רוזוולט. במהלך שיחה עם מזכיר האוצר שלו (המקבילה האמריקנית לשר האוצר), הנרי מורגנטאו הבן, סיפר לפוליטיקאי היהודי שארצות הברית היא מדינה פרוטסטנטית, ולכן, הוא כנשיא לעולם לא יפעל בגלוי למען המיעוט הקתולי או היהודי. את בחירתו של מורגנטאו למשרת מזכיר האוצר – אחת המשרות המרכזיות ביותר בעידן "השפל הגדול" ומלחמת העולם השנייה – תירץ בכך שחיפש את האדם הטוב ביותר לתפקיד. עוזריו, למרות זאת, טענו עוד בחייו שהוא ביקש מהם למצוא את "היהודי המוכשר ביותר לתפקיד".
כל זה לא הפריע למזכיר האוצר לראות בנשיא דמות של אח גדול וחבר קרוב. מערכת היחסים בין מורגנטאו ורוזוולט לא הייתה שונה משאר מערכות היחסים שניהל הנשיא עם פקודיו – הנשיא התמחה בלעורר חוסר בטחון בסיסי אצל העובדים תחתיו. כאדם אמיד לא הייתה למורגנטאו שום בעיה לקנות לו ולמשפחתו בית מגורים מפואר בוושינגטון הבירה, אך הוא נמנע מכך במהלך 12 השנים ששירת תחת הנשיא, והעביר את משפחתו מדירה שכורה אחת לשנייה מכיוון ש"אף פעם לא הרגשתי שהעבודה שלי תחכה לי בבוקר", כפי שסיפר שנים לאחר מותו של רוזוולט. הפחד הזה הפך את מזכיר האוצר – כמו גם את מרבית אנשי הנשיא – לעובד כנוע, המשתדל שלא לעורר את חמתו של הנשיא.
את כל זה שינתה שיחת טלפון שהגיעה למשרדו של מורגנטאו לקראת סוף שנת 1943. באותו יום גורלי הרים שר האוצר את שפופרת הטלפון במשרדו, והופתע לגלות קול מוכר – רב וידיד קרוב, שאף חיתן את מורגנטאו ואשתו. הרב הנסער דחק לקיר את בן שיחו, ודרש ממנו לספר לו מה הוא יודע על המתחולל באירופה הכבושה. מורגנטאו המגמגם לא הבין את פשר השיחה, וביקש מידידו הסברים. במשך דקות ארוכות פרש הרב בפני מזכיר האוצר את היקף הזוועות שמחוללים הנאצים ביהודים, וסיפר לפוליטיקאי הנחרד על הגטאות המתרוקנים, על משלוחי הרכבות אל המזרח ועל מחנות הריכוז וההשמדה בפירוט נרחב. "הנרי, האם אתה יודע שאהילי מנורות מיוצרים מעורות היהודים הנטבחים?" שאל את חברו. מסוחרר ממה ששומעות אוזניו, ביקש מורגנטאו לעצור את השיחה לפני שהוא מתעלף.
ככל שהעמיק לחקור ולהיחשף לידיעות הרבות המגיעות מניצולים שנמלטו מהתופת, הרגיש מורגנטאו כיצד מאדם כנוע ונבוך הוא נעשה אדם בעל מטרה: הצלת יהודים רבים ככל האפשר. נחוש לכפות על רוזוולט לפעול גם במחיר משרתו, נפגש עמו מזכיר האוצר בינואר 1944, והגיש לו דו"ח מפורט תחת הכותרת: "דיווח לנשיא על הסכמת הממשל האמריקני לרצח היהודים". הוא המשיך ושטח בפני הנשיא את העובדות (אותן ידע רוזוולט כבר בתחילת 1942), ודרש שהממשל האמריקני יעשה כל שביכולתו כדי לעצור את הטבח השיטתי והמתועש של העם היהודי. הוא לא עצר בדרישה ממניעים מוסריים, ופנה אל האינטרס הבסיסי של הנשיא: הוא קרא לו לחשוף בגלוי את המתחולל באירופה ולגנות בכל תוקף את הזוועות הנאציות, אחרת עלולה התגלית לעורר סקנדל פוליטי שיפגע קשות בסיכוי ההיבחרות של רוזוולט לכהונה רביעית.
הסיכון שלקח על עצמו מורגנטאו השתלם: תוך שבועות ספורים הוקמה ועדת פליטים שתפקידה לאחד את מאמץ הברחת היהודים משטחי הכיבוש הנאצי, נחתם הסכם על קבלה בלתי מוגבלת של יהודים מאירופה, ונשלח סיוע מהותי לראול ולנברג, חסיד אומות העולם לעתיד, בכדי לסייע למאמצי ההצלה ההרואיים שלו. פחות מחודשיים אחרי אותו עימות בחדר הסגלגל נאם רוזוולט נאום ראשון המכיר בשואה המתחוללת במלוא עוצמתה. מורגנטאו לא עצר שם, וניסח תוכנית פעולה תקיפה כנגד גרמניה: תוכנית הכוללת את השמדת התעשייה הצבאית והאזרחית שלה בתום המלחמה. "תוכנית מורגנטאו" נדחתה על ידי הנרי טרומן, יורשו של הנשיא רוזוולט (שנפטר באפריל 1945 – שבועות ספורים לפני כניעת גרמניה). בסופו של דבר, מאמציו של מורגנטאו ופעילים אמריקנים נוספים הובילו להצלתם של כ-200 אלף פליטים יהודים ממלתעות מכונת ההשמדה הנאצית.
לאחר המלחמה הפך מזכיר האוצר (שפוטר על ידי הנשיא טרומן) לתומך נלהב ונאמן של מדינת ישראל הצעירה, ומונה ליו"ר המגבית המאוחדת בארצות הברית.
