מרדכי הכהן, שהשכלתו הפורמלית הייתה בתלמוד תורה בטריפולי, הפך להיסטוריון ולמתעד החשוב ביותר של יהדות לוב בתחילת המאה ה־20. הוא נולד בטריפולי בשנת 1856 למשפחה ממוצא איטלקי. בגיל צעיר התייתם מאביו, אבל סקרנותו הטבעית הניעה אותו ללימוד עצמי ולרכישת ספרי השכלה בעברית ולהמשיך להרחיב ידיעותיו. איטלקית הכיר מהבית.
בבגרותו החל הכהן את דרכו כמורה בתלמוד תורה, אך לשם השלמת פרנסתו עסק בתיקון שעונים ובמסחר בין העיר טריפולי לכפרי הסביבה. לאחר נישואיו שקד על לימוד פוסקים בעברית ובערבית־יהודית ואף הוכשר כמורשה בבית הדין.
לקראת תחילת המאה ה־20 החל לחבר את "הגיד מרדכי" – ספרו המקיף על תולדות לוב ויהודֶיה, מוסדותיהם ומנהגיהם. הספר מכיל שלל נושאים ומבוסס על מקורות מגוונים. חלקו שואב מכתבי היד של אברהם כלפון (1819-1741) בערבית־יהודית, שטרם פורסמו, וחלקו מספרי אברהם חיים אדאדי, שכיהן כאב ביתדין בטריפולי קרוב ל־30 שנה במאה ה־19. על המחצית הראשונה של מאה זו למד הכהן מראיונות שערך עם זקנים בני תקופתו, וממחקרים ותצפיות שערך בימיו.
חלק מיוחד מוקדש בספר ליהודים תושבי השווקים הקטנים המפוזרים בקהילות הכפריות בטריפוליטניה, שהכהן בא במגע עימם בהיותו סוחר נודד. בחלק אחר, מתוארת הקהילה היהודית בבנגזי שבה שימש כדיין מ־1919 עד סוף חייו. הוא כולל גם תיאור כיבוש טריפולי על ידי איטליה בסתיו 1911.
ב־1906 פגש הכהן את חוקר קהילות המזרח, נחום סלושץ, שנשלח מפריז לטריפולי מטעם הנהלת בתי הספר כי"ח. בפגישתם הציג לו הכהן את כתבהיד של חיבורו, שטרם סיימו אך כבר השלים יותר ממחציתו. סלושץ התרשם מיכולותיו ומידיעותיו של הכהן והציע לו להצטרף למסעותיו מחוץ לטריפולי, לשמש בהם מורה דרך ומתרגם ולתעד אותם. הכהן נענה להצעה, והשנים יצאו יחדיו לשני מסעות: האחד – מזרחה עד בנגזי, והשני – לפנים הארץ, דרומה ומערבה.
בספטמבר 1906 עזב סלושץ את לוב לאחר ששהה בה כחודשיים. הוא והכהן התכתבו עד פברואר 1910. כפי שסיכמו ביניהם, הכהן שלח לסלושץ את יומן המסע, וכן העביר לו לבקשתו קטעים מכתב היד של ספרו. סלושץ שילב חומרים אלה בפרסומיו במהלך 30 שנה, אך הצניע את תרומתו של הכהן.
לאחר שסלושץ עזב את טריפולי, הכהן חזר לעבוד על הספר כדי לסיימו. באותה תקופה הוא כבר נהג לשלוח מאמרים ל"היהודי" בלונדון, ובשנים שבהן גבר המתח סביב האינטרס האיטלקי בלוב, התחיל לשלוח מאמרים גם ל"החרות". בין היתר, הוא שימש כמעין "כתב לעניינים צבאיים" בתקופת הכיבוש האיטלקי, שהחל בספטמבר 1911. המצב בטריפולי התייצב מהר יחסית, והכהן החליט להשלים את חיבורו בארבעה סימנים (פרקים) המדווחים על כיבוש טריפולי ובנגזי (ההתנגדות לאיטליה בפנים הארץ נמשכה שנים רבות).
עם הזמן ובהדרגה יצא לאור ספרו של הכהן, "הגיד מרדכי". משרד המושבות של איטליה, ששלט בלוב, ראה לנכון לתרגם את החלק בספר המתמקד במוסדות ובמנהגים. מרטינו מריו מורנו, מזרחן־בלשן איטלקי, הוא שתרגמו.
ב-1915 הכהן חתם על חוזה עם מורנו לעבוד על התרגום, אך יש להניח שהמגע בין שניהם התחיל קודם לכן. כפי הנראה, הוצאת הספר בשיתוף עם מורנו היה המקרה היחידי בו הייתה הזדמנות למרדכי לעקוב אחרי תהליך ההוצאה לאור, מסיום (ובדיקת) כתב היד ועד להעלאת הספר על מכבש הדפוס. ב־1924 פורסם החיבור בבנגזי, והוא כולל הערות של הכהן ושל המתרגם־מהדיר, מרטינו מריו מורנו.
במהלך מלחמת העולם השנייה, נוצר קשר בין משפחתו של הכהן לבין ההיסטוריון פרופ' אפרים אלימלך אורבך, שהגיע ללוב במסגרת שירותו בצבא הבריטי, בתור קצין דת, שטיפל בצרכי החיילים הבריטים, בעיקר היהודים ובהם המתנדבים הארץ-ישראליים.
בני המשפחה הפקידו בידי אורבך את כתב היד, והוא מסר אותו לספרייה הלאומית בירושלים. אחדים מבני משפחת הכהן הגיעו לארץ בעלייה הגדולה, ובידיהם אוסף של מסמכיו הפרטיים. לימים גם אלה נתרמו לספרייה, והפקדת כתב היד של הספר בספרייה אושרה לצמיתות בשנת 1967. כתב היד של "הגיד מרדכי" כתוב בחצי קולמוס—כתב עברי ספרדי רהוט.
בתחילה משך החיבור את תשומת לבם של חוקרים בודדים והבולט ביניהם חיים זאב הירשברג. רק בשנת תשל"ט הספר יצא לאור כספר על יד מכון בן צבי, בעריכתו של פרופ' הרווי גולדברג, אנתרופולוג החוקר את יהדות לוב.
בימיו בטריפולי היה הכהן עד לקדמה טכנולוגית מואצת – שירותי מים נגישים וביוב, דואר קבוע מחו"ל וטלגרף – ובמקביל לכך נחשף בהדרגה לתרבות כללית ויהודית מעבר לים. ספרו משקף במודע את ספרות ההשכלה המזרח־אירופית ואת לשונה, והיא באה לידי ביטוי בבחירת הנושאים הנדונים בספר. הוא העלה על נס ערכי ההשכלה, ובה בעת לימד זכות על עמדות יהודיות מסורתיות. הכהן ראה עצמו שותף למאמץ החייאת השפה העברית, ואף הציע לפנות לשפה הערבית כמקור לחידוש מילים בשפת עבר. השקפתו זו הזינה גם את גישתו למחקר. ראייתו הפן־יהודית באה לידי ביטוי במכתבים בעברית ששלח לעיתונים בחוץ לארץ. בין 1897 ל־1914 מתועדים יותר מ־80 כתבות, רובן לעיתון החרות, ולעיתון היהודי (שיצא לאור בלונדון), ובהם דיווח על הנעשה בלוב, ואף הרחיב בסוגיות מגוונות.
עותקים של מאמרים אחרים שר' מרדכי הכהן כתב, נמצאים בארכיונו בספרייה.
הכהן שאף להשתייך לחוג בינלאומי של חוקרים, וחש שמימש שאיפה זו בקשר שלו עם נחום סלושץ. תשוקתו לגלות את מכמני ארצו ותולדותיה הייתה ידועה; מבקרים ותיירים מארצות שונות הופנו אליו, והוא סיפק להם מידע. לעומת זאת, בתוך קהילתו לא תמיד העריכו את מחויבותו למדע; תגובתו ליחס הקהילה הייתה לתת אמון ב"חוקרים נקיי הדעת" באשר הם. הוא חתר לדיוק בכתיבתו ההיסטורית – לגבי תאריכים למשל – ובתיאורו את קהילות היהודים בימיו חיפש מידע דמוגרפי מעודכן ככל האפשר. הוא לא היסס לציין אי־ודאות. כשדברים היו מעורפלים מבחינתו, הוא הציג את העובדות הידועות לו בלבד בלי להגיע למסקנות.
דוגמה לכך ניתן לראות בצילום הדף מפנקס המכתבים, ובו רשם ר' מרדכי את מספרי היהודים לפי קהילות: א = קהילות היהודים בלוב; ב = קהילות יהודים בעולם: חלקם עפ"י ארץ (למשל 'פרס'), וחלקם עפ"י עיר (למשל 'חלב'); ג = יישובי יהודים בא"י.
לארכיון שלושה מרכיבים: העתקי מכתבים, חומר הלכתי וכן חיבורים וקטעי חיבורים. המכתבים – רובם "יוצאים" ומיעוטם "נכנסים" – כתובים בעברית ומקצתם בערבית־יהודית, והם אינם מייצגים כל התכתבויותיו. הכתב במסמכי האוסף הוא ברובו חצי קולמוס ומקצתו במה שמכונה כתב רש"י. במרכז אוסף המכתבים יש פנקס של 60 דפים, עיקרם העתקי מכתבים; חלקם לא נוצרו על ידי הכהן אלא נשמרו על ידו. קיימים גם מסמכים בודדים מעבר לפנקס.
במבט כללי קיימת התכתבות מרובה יחסית בין הכהן לבין חמישה נמענים: עם הרב חזקיה שבתי, ששימש "חכם באשי" בטריפולי בין השנים 1904–1908. שבתי ניסח הסכמה לספר של מרדכי, ואחרי ששבתי עבר לחלב שבסוריה, החליפו השניים ידיעות כל אחד על עירו.
השני בתדירות ההתכתבות הוא נחום סלושץ, והשלישי הוא מרטינו מריו מורנו, שתרגם את ספרו של הכהן לאיטלקית. הכהן התכתב גם עם שני רבנים איטלקים: שמואל צבי מרגליות, שביקר בטריפולי בשנים הראשונות אחרי כיבוש איטליה, ואליהו שמואל הרטום, שכיהן כרב הראשי בטריפולי בשנים 1920–1923. עם האחרון דן הכהן בנושאי הלכה מתוקף תפקידו כדיין בבנגזי.
מכתבים אחרים של הכהן הופנו לנמנעים רבים ומגוונים, ומעידים על רוחב ראייתו. התעניינותו הפעילה משתקפת בטווח הנושאים שנגע בהם, ובחיבורים השמורים בארכיון. שנים מהם כתבי יד המורכבים כמחברות קטנות: נצח ישראל ו-רבנו גרשום מאור הגולה. הם חוברו בבנגזי סביב שנת 1925 אבל שונים במטרותיהם. הראשון—בן 22 דפים—מציג "השתלשלות האומה העתיקה הישראלית במדיני והדתי מאז היתה לגוי". השפה היא עברית בכתב רש"י, וכנראה הכהן כיוון לתרומה חינוכית עממית, אולי בתקווה שתגיע לקוראים מחוץ ללוב. קהל היעד של כתב היד השני היה יהודי המקום. הרקע אינו שלם, אבל בשנת 1922 דיין בעיר אירגן את ה"חברא קדישא" תחת השם "חברת רבנו גרשום". גם נוסדה סעודה שנתית לכבוד ר' גרשום שסמנה את תרומתה של ה"חברה" לקהילה. הכהן לקח על עצמו לחנך את יהודי בנגזי על חשיבותו של רבנו גרשום. חיבורו זה כתוב בכתב רש"י, אבל השפה היא ערבית־יהודית.
ר' מרדכי הכהן נפטר בשנת 1929. הוא היה איש אשכולות, אבל חוץ מהפרסום של "הגיד מרדכי", רבות מיוזמותיו לא זכו לצאת אל הפועל.
ארכיון ר' מרדכי בן יהודה הכהן מטריפולי נרשם והונגש בספרייה הלאומית, הודות לתרומתה האדיבה של קרן סאמיס, סיאטל, וושינגטון, המוקדשת לזכרו של שמואל ישראל. תודה לנועה רייכמן על הסיוע ברישום והנגשת הארכיון.
