במהלך שתים עשרה השנים בין 1933 ו-1945, אירעו בגרמניה התפתחויות ותהפוכות ששינו את פניה של המדינה מן הקצה אל הקצה. השינויים שגרמניה עברה בשנים הללו ממחישים עד היום שרמה תרבותית גבוהה לא בהכרח יכולה למנוע השתלטותם של כוחות ברבריים, שכמותם יש ככל הנראה בכל חברה. רדיפת היהודים, השתקת הדעות הפלורליסטיות, הכיבוש וההרס הרב בחלקים ניכרים של אירופה במלחמת העולם השנייה ביטלו את תדמיתה של גרמניה כ-"הארץ של משוררים והוגים" (Land der Dichter und Denker) ונתנו תוקף לאמירתו של המחזאי קרל קראוס ולפיה גרמניה הפכה ל-"ארץ של שופטים ותליינים" (Land der Richter und Henker). ​

​גם היום, 70 שנה לאחר סיום הפרק הנורא הזה, מעסיקה התקופה אנשים רבים, חוקרי היסטוריה, סוציולוגים, פסיכולוגים, אמנים ויוצרים ועוד. במוקד ההתעניינות עומדת השאלה: כיצד דבר זה היה אפשרי? כיצד הרסו הנאצים תוך זמן קצר את המוסכמות הכלליות של העולם המודרני ביחס לאנושיות, לחוק ולתרבות? כיצד ייתכן שחלק ניכר מהאוכלוסייה תמך בתהליך הזה או לפחות לא התנגד לו? אין עוד תקופה בהיסטוריה הגרמנית שנחקרה באורח אינטנסיבי כל כך כמו תקופת "הרייך השלישי", ואין עוד תקופה שנתנה מסגרת ליצירות ספרותיות וקולנועיות כמו שנות הטרור של המשטר הנאצי.

רשימת האירועים והמעשים שהתרחשו בשנים אלו ארוכה ומצמררת ללא תנאי: המפלגה הנציונל-סוציאליסטית של אדולף היטלר אמנם הוקמה כבר בתחילת שנות ה-20, אך נעשתה משמעותית לקראת סוף העשור.

בשתי הבחירות בשנת 1932 – בצל אבטלה המונית ובשל משבר כלכלי עמוק – היא קיבלה את רוב הקולות, אך לא את הרוב המוחלט. בעקבות הצלחתה של המפלגה, נשיא המדינה, פאול פון הינדנבורג, סבר שלא נותרה ברירה אלא למנות את אדולף היטלר לקנצלר גרמניה, בסוף ינואר 1933.

מיד לאחר עלייתם של הנאצים לשלטון, הם השקיעו מאמצים רבים כדי להשתיק קולות דמוקרטיים בזירה הציבורית בגרמניה.

בבחירות שהתקיימו במרץ 1933, האחרונות לשנים רבות, מפלגתו של היטלר שיפרה שוב את מעמדה ובהמשך כבר אסרו על קיום כל המפלגות פרט למפלגה הנאצית. דמוקרטים ואנשי השמאל נעצרו ולעיתים אף נרצחו.

חודשים מעטים בלבד לאחר עליית הנאצים לשלטון החלו הרדיפות האנטישמיות: פיטורים רבים של עובדי המדינה יהודיים, פירוק עסקים יהודיים, מעצר של דמויות בולטות ביהדות גרמניה וסוגים אחרים של טרור נגד היהודים. בתגובה, כשני שלישים מהאוכלוסייה היהודית בגרמניה עזבו את המדינה, לאמריקה, לפלסטינה ולארצות האחרות. ההגירה לפלסטינה מוכרת כ-"עלייה החמישית". בארץ הגיב הציבור באורח מיידי בחרם על מוצרים גרמניים, עניין שמצא ביטוי בכרזות והפגנות.

בשנים שעד פרוץ מלחמת העולם השנייה הצליחה המפלגה הנאצית לחזק את מעמדה ולבצר את אחיזתה באוכלוסייה הכללית. כמעט כל תחומי החברה היו תחת פיקוח מרכזי. בסתיו 1935 חוקקו "חוקי הגזע" בעיר נירנברג. חוקים אלו קבעו מי הוא יהודי ומי נחשב לבעל מוצא יהודי. על בסיס ההגדרות הללו נשללו זכויות אזרחיות מכל האנשים שענו להגדרות, כל קשרי משפחה עם "ארים" (גרמנים לא-יהודים) נאסרו ולמעשה בזאת הפכו חייהם של היהודים לבלתי אפשריים. בשנת 1936 התקיימו המשחקים האולימפיים בברלין, והנאצים ניצלו את ההזדמנות כדי להפגין את כוחה של "גרמניה החדשה" ולשכנע את מדינות העולם שגרמניה "שואפת לשלום".

שנתיים לאחר מכן החליט אדולף היטלר לספח את אוסטריה לרייך השלישי ומאז נקראה גרמניה "גרמניה הגדולה" (Großdeutschland). רוב אוכלוסיית אוסטריה קיבלה את המשטר הגרמני בהתלהבות. אזרחי אוסטריה זכרו היטב שהיטלר היה ממוצא אוסטרי. יהודי אוסטריה החלו מיד לסבול מהדיכוי הנאצי. בספטמבר 1938 קיבל היטלר את אישורן של צרפת ובריטניה לספח גם את חבל ארץ הסודטים (שבו רוב האוכלוסייה היה גרמני), שהיה עד אז חלק מצ'כוסלובקיה. כוחות המערב קיוו בכך לרצות את השאיפות של היטלר ולשמר את השלום העולמי, שעל קצו כבר הוחלט בברלין זמן רב קודם לכן. סיפוח כל בוהמיה במרץ 1939 היה רק צעד נוסף בדרך לספטמבר 1939, כאשר הצבא הגרמני פלש לפולין והתחיל בכך את מלחמת העולם השנייה.

תולדות המלחמה ידועות היטב ואין זה המקום לפרטן שוב: "מדינות הציר" (גרמניה, איטליה ויפן) כבשו והחריבו חלקים גדולים של העולם, יותר מ-50 מיליון אנשים שילמו בחייהם, ביניהם שישה מיליון היהודים שהיו קרבנות השואה. בסופו של הדבר, בפעם השנייה ב-27 שנה, גרמניה הובסה ללא תנאי. בעלות הברית השתלטו במאמצים רבים על צבאות "מדינות הציר" ושחררו את האזורים הכבושים ובסופו של הדבר גם את גרמניה, שהייתה כעת בעצמה ארץ חרבה.

עד עליית הנאצים לשלטון חיו בגרמניה כחצי מיליון יהודים, מתוכם יותר מ-150,000 בברלין לבדה. רובם מצאו את מקומם בחברה הכללית ולקחו חלק בכלכלה, בפוליטיקה, במדע וכמובן גם בתרבות גרמניה, הן כגורמים פעילים (סופרים, עיתונאים, מוסיקאים, אומנים ועוד) והן כצרכני תרבות ברבדיה השונים. לתנועה הציונית לא היה קל לחדור לחברה היהודית-גרמנית, שרובה הייתה מבוססת למדי, וקבוצות ציוניות בגרמניה מעולם לא הפכו לתנועות המוניות. ​

התמונה השתנתה בשנת 1933, כאשר הנאצים עלו לשלטון. האנטישמיות הגלויה ותוקפנותם שלוחת הרסן של הנאצים (ושל חלקים גדלים של החברה הגרמנית) הבהירו ליהודי גרמניה שהשתלבותם בחברה הכללית לא הייתה אלא אפיזודה שהתקרבה לקיצה עם השינוי הפוליטי. בבהלה גדולה הבינו יהודים רבים שחיו בתוך גבולות גרמניה שחייהם ורכושם נתונים בסכנה ממשית ושעליהם למצוא אלטרנטיבות להמשך.

כמחצית האוכלוסייה היהודית היגרה מגרמניה לארצות אחרות, רובה לארצות הברית, אך רבים גם עלו לארץ ישראל במסגרת "העלייה החמישית". ההערכות המקובלות הן שבמסגרת זו הגיעו לארץ-ישראל כ-60,000 עולים מגרמניה ועוד כ-30,000 מהמרחב הדובר גרמנית, בעיקר מאוסטריה ומצ'כיה. גם בארץ-ישראל מצבם לא היה קל: האקלים החדש, השפה שהייתה לא מוכרת לרובם, ההסתייגות של מקומיים רבים מהשפה ומהתרבות הגרמנית עקב מעשי הנאצים והמקצועות הלא מתאימים שהיו להם (בלט מספרם הגדול של אנשי מדע, רוח ותרבות) – כל אלו היו בעיות חמורות לרבים מה"ייקים", כפי שהם כונו אז, ומכונים כך אף היום. הרגליהם, סגנון הלבוש שלהם, דייקנותם בכל הנוגע לזמן וההומור השונה שאפיין אותם הפכו את עולי גרמניה למושא להלצות. התוצאה הטרגית הייתה שלאחר שבגרמניה הם נחשבו תמיד ליהודים, בארץ הם נחשבו "גרמנים".

חלקם של עולי גרמניה בחברה הארצישראלית היה מגוון למדי: חלקם הגדול במקצועות הקשורים למדע, אמנות ותרבות אינה מפתיעה, אך היו ביניהם גם אנשי תעשייה ועסקים (מקימי החברות "עסיס", "שטראוס" ועוד), מו"לים (כגון משפחת שוקן), ואדריכלים (ריכרד קאופמן ואדריכלים אחרים מהבאוהאוס המפורסם). אולם במקרים רבים, הייקים נאלצו למצוא את מקומם בחברה החדשה בארץ כמו כל העולים, במקצועות שלא למדו, בדיור צפוף ובקשיים התרבותיים הגדולים והקטנים שציפו לכול העולים בחיי היומיום.

בארץ התיישבו הייקים במספר ערים וישובים: ברחבי תל אביב, בירושלים (הרבה מהם בשכונת רחביה), אך גם בעיר נהריה, בכפר שמריהו ליד הרצליה ובמקומות נוספים. שכונת רחביה בירושלים תוכננה על ידי האדריכל ריכרד קאופמן החל בשנות ה-20 של המאה הקודמת. בה התגוררו אקדמאים מכובדים, ביניהם מרצים רבים של האוניברסיטה העברית: גרשם שלום, שמואל הוגו ברגמן, עקיבא ארנסט סימון, האדריכל המפורסם אריך מנדלסון (הוא התגורר בשכונה שנים אחדות בלבד, בשנות ה-30) וכן זלמן שוקן, בעליה של רשת חנויות כולבו מוצלחת בגרמניה ושל בית הוצאה על שמו, שקיים עד היום.

עם עלייתם של ה"ייקים" נוסדו עיתונים וכתבי עת בגרמנית. לדוגמה העיתון "ידיעות חדשות" (שמאוחר יותר נקרא "חדשות ישראל") וכתב-העת "ידיעות התאחדות עולי גרמניה". שמו בגרמנית היה Mitteilungsblatt der Hitachduth Olei Germania, בראשי תיבות MB. כתב-העת נוסד בשנת 1933 וקיים עד היום, ראשי התיבות עדיין מופיעים בכריכה, אך השם השתנה ל"יקינטון". החל במהדורה הראשונה הופיעו בו טקסטים גם בגרמנית וגם בעברית, בתחילה עם יתרון גדול לגרמנית ואילו היום התהפך היחס. בשנים רבות פרסמו חברות ועסקים פרסומות ב"ידיעות", בעיקר כאלו שהיו בבעלות עולי גרמניה או היו רלוונטיים לקהילת העולם מגרמניה. מעניין להיווכח שבשנים הראשונות אפילו בנק הטמפלרים בארץ מצא לנכון לפרסם את שירותיו באותו כתב-עת, על אף שהאוריינטציה של טמפלרים רבים – מתיישבים גרמניים-פרוטסטנטיים שלא היה להם כל קשר ליהדות – הייתה פרו-נאצית. אולם, חברות אחרות, חלקן מוכרות עד היום, פרסמו כבר אז, בגרמנית, כמובן, כגון חברת "עסיס".

החל מאביב 1933 הופיעו בארץ כרזות נגד רכישת מוצרים גרמניים. ארגונים יהודיים פנו בכרזות וכרוזים אלו לציבור לוותר על קניית מוצרים מגרמניה, וזאת במטרה לפגוע בכלכלה הגרמנית ובדרך זו בכוחם של הנאצים, שעלו לשלטון זמן קצר קודם לכן. החרם החל בעקבות החרם שהנאצים ארגנו ב-1 באפריל 1933 נגד עסקים יהודיים בגרמניה. בעקבות כך, קראו ארגונים יהודיים במדינות שונות להחרים מוצרים גרמניים שניתן היה לרכוש ברחבי העולם ואף בארץ ישראל. כשלעצמו, החרם בארץ בוודאי לא השפיע רבות על כלכלת גרמניה, אך הפעילות המשותפת של ארגונים יהודיים בארצות שונות, ובכלל זה בארצות הברית, הביאה תוצאות, אם כי היא לא השפיעה על המדיניות הנאצית כלפי יהודי גרמניה.

באותם ימים, מוצרים גרמניים נחשבו לאיכותיים במיוחד. גרמניה הייתה כבר אז ארץ מתועשת מאוד, ומוצריה שווקו בכל העולם. יבואנים ומשווקים בארץ ישראל ביקשו למכור את המוצרים ממפעלים גרמניים, ופרסמו את המוצרים במודעות ובכרזות, חלקן בעברית וחלקן בעברית ובגרמנית. מומחיותם של מפעלים גרמניים בייצור מכונות ומוצרים טכניים הבטיחה למוצרים הללו הצלחה רבה, גם בארץ ישראל של שנות ה-30, כאשר ענפים רבים בתעשייה המקומית רק התחילו להתפתח. אולם, היו גם מוצרים גרמניים אחרים שנמכרו בחנויות בארץ, ביניהם תרופות מחברת BAYER או ציוד צילום תוצרת AGFA, שגם הם קודמו בעיתונים ובפרסומים אחרים (לדוגמה בתוכניות לחגיגות פורים בתל אביב).

בעקבות הקריאות לחרם – בעיקר מצד המחנה הרוויזיוניסטי – נקלעו מנהיגי היישוב לדילמה קשה. ב-25 באוגוסט 1933 נחתם עם ממשלת גרמניה הנאצית "הסכם ההעברה". לשני הצדדים היה עניין רב בהסכם. באמצעותו קיוותה הממשלה הנאצית למנוע חרם עולמי כבד יותר על מוצרים גרמניים; בשנים אלו ראשי הנאצים היו עדיין בדעה שיש לתמוך בהגירת יהודי גרמניה "מרצונם" כדי לפתור את מה שכינו "בעיית היהודים". לעומת זאת, הצד היהודי קיווה שההסכם יאפשר ליהודי גרמניה שרצו לעלות ארצה להביא אתם חלק משמעותי יותר של רכושם. משנת 1931, בעקבות משבר הכלכלה העולמי, מי שהיגרו מגרמניה אולצו לשלם מיסים גבוהים מאוד עבור העברת רכושם לחוץ לארץ, דבר שהיה עדיין בתוקף בתחילת תקופת הנאצים. במסגרת ההסכם, ליהודי גרמניה התאפשרה דרך להעברת רכוש לארץ ישראל: לשם עלייתם היו צריכים העולים להציג לרשויות בארץ הון בגובה של 1,000 לירות לפחות. את הסכום הזה יכלו להפקיד בחשבון בנק בגרמניה, ועם הכסף נקנו מוצרים גרמניים לייצוא לארץ ישראל. בארץ מכרו היבואנים את המוצרים הגרמניים, ושילמו את הכסף לחשבון בנק שממנו הוחזר לעולים בארץ חלק ניכר מכספם. מעריכים שעשרות אלפי עולים מגרמניה השתמשו בדרך זו כדי להציל את רכושם הכספי מרשות המיסים הגרמנית הנאצית. מובן מאליו שההסכם והתוצאה שנבעה ממנו – ייבוא מוצרים גרמניים לארץ בשעה שהוטל עליהם חרם – עוררו ויכוח סוער. מצד אחד, קמה התנגדות גדולה להסכם ההעברה, אך מצד אחר היו גם קולות של תמיכה, למשל מצד ארגון עולי גרמניה, שחשש לפגוע באפשרות להעברת ההון של יהודים גרמניים שטרם עלו.

הפעילות הציבורית בענייני החרם נמשכה במהלך שנות ה-30 של המאה הקודמת, וגם הסכם ההעברה נותר על כנו במהלך השנים הללו. מעריכים כי כ-140 מיליון מארק גרמני הועברו בדרך זו לארץ ישראל עד פרוץ מלחמת העולם השנייה בספטמבר 1939. מהבחינה הכלכלית, הסכם ההעברה היה מוצלח מאוד הן מבחינת עולי גרמניה והן לכלכלה הארץ-ישראלית. מי שניהל את המשא ומתן מטעם הצד היהודי היה חיים ארלוזורוב, אך הוא נרצח עוד לפני חתימת ההסכם בתל אביב. נסיבות הרצח והמניעים לו אינם ברורים לגמרי עד היום, אך קיימת אפשרות שהמניע היה קשור לתפקידו של ארלוזורוב במגעים עם הצד הגרמני-נאצי.

שני המכונים הראשוניים שהוקמו היו המכון לכימיה והמכון לכימיה פיזיקלית ולאלקטרו-כימיה, שניהם בברלין. מימון הפרויקטים המחקריים השונים נעשה בדרך כלל באמצעות תרומות פרטיות, ביניהן לא מעטות מיהודים גרמניים עשירים, ואילו המדינה שילמה את משכורות החוקרים. לחוקרים ניתנה הזכות המיוחדת להשקיע את כל זמנם במחקר בלבד, והם לא היו חייבים ללמד במוסד אקדמי כלשהו.

במהלך השנים הוקמו מכוני מחקר נוספים, ובסוף נמנו 28 מכונים שונים, חלק ניכר מהם בברלין, אך גם בערים גרמניות אחרות. בין החוקרים הבולטים במכוני החברה היו גם מדענים יהודים רבים. בין השמות המוכרים ביותר היו אלה של אלברט איינשטיין, קרל נויברג ומקס ברגמן, אך גם פריץ הבר ולדיסלאוס פרקש. סיפורם של שני מדענים אלה הוא דוגמה לגורלם של יותר מ-100 אנשי מדע, שנאלצו לעזוב את מכוני המחקר הגדולים החל בשנת 1933, רובם עקב מוצאם היהודי, אך גם עקב דעותיהם הפוליטיות.

​מנהלו הראשון של המכון לכימיה פיזיקלית ולאלקטרו-כימיה היה הכימאי היהודי פריץ הבר (1934-1868). הבר אמנם היה אחד המדענים המוכשרים בתחומו, אך יהדותו הייתה מונעת ממנו להתקדם בקריירה האקדמית, ובעקבות זאת, בשנת 1892, הוא התנצר. אחד ההישגים המדעיים הגדולים של הבר הוא תגלית הסינתזה לייצור אמוניה ממימן ומחנקן, תגלית שמצד אחד פרצה את הדרך לייצור המוני של חומרי דשן לחקלאות, ומצד אחר אפשרה גם ייצור פשוט יחסית של חומרי נפץ לשימוש צבאי. בעקבות תגלית הסינתזה זכה הבר בפרס נובל בכימיה בשנת 1919, זאת למרות פיתוחיו האחרונים בתחום אמצעי הלוחמה הכימיים, שהגיעו לשדות הקרב של מלחמת העולם הראשונה ושימשו להריגתם של עשרות אלפי חיילים בריטיים וצרפתיים. אשתו של הבר, הכימאית קלרה אימרוואר, לא השלימה עם חלקו של בעלה בפיתוח אמצעי הלוחמה הללו במכון שלו בברלין. היא שמה קץ לחייה בשנת 1915.

במסגרת המכון לכימיה פיזיקלית ולאלקטרו-כימיה נתן פריץ הבר למדענים צעירים ומוכשרים מקומות עבודה והזדמנויות לחקור בתחומיהם. אחד מהם היה הכימאי לדיסלאוס פרקש (1948-1904), צאצא למשפחה יהודית מהונגריה. בשנת 1928 סיים פרקש את לימודיו בברלין, ומיד צורף לצוות המדענים במכונו של הבר. המדען המוכשר זכה להערכה רבה מצד מנהל המכון.

בעקבות עליית הנאצים לשלטון בינואר 1933, כל אנשי הסגל האקדמיים במוסדות ממלכתיים בגרמניה פוטרו כבר באביב באותה השנה. כמנהל המכון, פריץ הבר נאלץ לפטר את החוקרים ואת העובדים היהודיים ממקומות עבודתם. על כך מעיד מכתב הפיטורין שלו אל לדיסלאוס פרקש מיום 29 באפריל 1933. במכתב, שנימתו אישית מאוד, מביע הבר את צערו הרב על כך שהוא נאלץ לעשות צעד כזה ומסביר שלא הייתה לו ברירה, לאור החוקים החדשים. יום לאחר מכן פגש הבר את נשיא חברת הקיסר ווילהלם, הפיזיקאי מקס פלנק, והגיש לו את התפטרותו מתפקיד מנהל המכון. פלנק ניסה לשכנע את הבר להישאר בתפקידו, אך הלה הסביר לו שתחת הנסיבות החדשות הוא אינו מסוגל להמשיך את עבודת המחקר שלו, כאשר עצם עבודתו מושפע משיקולים גזעניים. הבר עזב את גרמניה. עוד בשנת 1933 הוא קיבל פרופסורה באוניברסיטת קיימברידג' באנגליה, אך השינוי הדרסטי בחייו דרדר את מצבו הבריאותי, כך שהכימאי המפורסם נפטר כבר בינואר 1934 בבית הבראה בשווייץ.

גם לדיסלאוס פרקש היגר תחילה לאנגליה, אך בשנת 1936 קיבל פרופסורה באוניברסיטה העברית בתחום הכימיה הפיזיקלית. תחת השפעתו, החל תחום זה להתפתח בארץ, ופרקש נחשב לאביו של המדע הזה בישראל. ב-30 בדצמבר 1948, כשפרקש היה בדרכו לנסיעה בתפקיד לארה"ב, המטוס שבו טס התרסק מעל איטליה, והמדען הצעיר מצא את מותו. ארכיונו האישי נמצא היום באוספים הארכיוניים בספרייה הלאומית.