שני המכונים הראשוניים שהוקמו היו המכון לכימיה והמכון לכימיה פיזיקלית ולאלקטרו-כימיה, שניהם בברלין. מימון הפרויקטים המחקריים השונים נעשה בדרך כלל באמצעות תרומות פרטיות, ביניהן לא מעטות מיהודים גרמניים עשירים, ואילו המדינה שילמה את משכורות החוקרים. לחוקרים ניתנה הזכות המיוחדת להשקיע את כל זמנם במחקר בלבד, והם לא היו חייבים ללמד במוסד אקדמי כלשהו.
במהלך השנים הוקמו מכוני מחקר נוספים, ובסוף נמנו 28 מכונים שונים, חלק ניכר מהם בברלין, אך גם בערים גרמניות אחרות. בין החוקרים הבולטים במכוני החברה היו גם מדענים יהודים רבים. בין השמות המוכרים ביותר היו אלה של אלברט איינשטיין, קרל נויברג ומקס ברגמן, אך גם פריץ הבר ולדיסלאוס פרקש. סיפורם של שני מדענים אלה הוא דוגמה לגורלם של יותר מ-100 אנשי מדע, שנאלצו לעזוב את מכוני המחקר הגדולים החל בשנת 1933, רובם עקב מוצאם היהודי, אך גם עקב דעותיהם הפוליטיות.
מנהלו הראשון של המכון לכימיה פיזיקלית ולאלקטרו-כימיה היה הכימאי היהודי פריץ הבר (1934-1868). הבר אמנם היה אחד המדענים המוכשרים בתחומו, אך יהדותו הייתה מונעת ממנו להתקדם בקריירה האקדמית, ובעקבות זאת, בשנת 1892, הוא התנצר. אחד ההישגים המדעיים הגדולים של הבר הוא תגלית הסינתזה לייצור אמוניה ממימן ומחנקן, תגלית שמצד אחד פרצה את הדרך לייצור המוני של חומרי דשן לחקלאות, ומצד אחר אפשרה גם ייצור פשוט יחסית של חומרי נפץ לשימוש צבאי. בעקבות תגלית הסינתזה זכה הבר בפרס נובל בכימיה בשנת 1919, זאת למרות פיתוחיו האחרונים בתחום אמצעי הלוחמה הכימיים, שהגיעו לשדות הקרב של מלחמת העולם הראשונה ושימשו להריגתם של עשרות אלפי חיילים בריטיים וצרפתיים. אשתו של הבר, הכימאית קלרה אימרוואר, לא השלימה עם חלקו של בעלה בפיתוח אמצעי הלוחמה הללו במכון שלו בברלין. היא שמה קץ לחייה בשנת 1915.
במסגרת המכון לכימיה פיזיקלית ולאלקטרו-כימיה נתן פריץ הבר למדענים צעירים ומוכשרים מקומות עבודה והזדמנויות לחקור בתחומיהם. אחד מהם היה הכימאי לדיסלאוס פרקש (1948-1904), צאצא למשפחה יהודית מהונגריה. בשנת 1928 סיים פרקש את לימודיו בברלין, ומיד צורף לצוות המדענים במכונו של הבר. המדען המוכשר זכה להערכה רבה מצד מנהל המכון.
בעקבות עליית הנאצים לשלטון בינואר 1933, כל אנשי הסגל האקדמיים במוסדות ממלכתיים בגרמניה פוטרו כבר באביב באותה השנה. כמנהל המכון, פריץ הבר נאלץ לפטר את החוקרים ואת העובדים היהודיים ממקומות עבודתם. על כך מעיד מכתב הפיטורין שלו אל לדיסלאוס פרקש מיום 29 באפריל 1933. במכתב, שנימתו אישית מאוד, מביע הבר את צערו הרב על כך שהוא נאלץ לעשות צעד כזה ומסביר שלא הייתה לו ברירה, לאור החוקים החדשים. יום לאחר מכן פגש הבר את נשיא חברת הקיסר ווילהלם, הפיזיקאי מקס פלנק, והגיש לו את התפטרותו מתפקיד מנהל המכון. פלנק ניסה לשכנע את הבר להישאר בתפקידו, אך הלה הסביר לו שתחת הנסיבות החדשות הוא אינו מסוגל להמשיך את עבודת המחקר שלו, כאשר עצם עבודתו מושפע משיקולים גזעניים. הבר עזב את גרמניה. עוד בשנת 1933 הוא קיבל פרופסורה באוניברסיטת קיימברידג' באנגליה, אך השינוי הדרסטי בחייו דרדר את מצבו הבריאותי, כך שהכימאי המפורסם נפטר כבר בינואר 1934 בבית הבראה בשווייץ.
גם לדיסלאוס פרקש היגר תחילה לאנגליה, אך בשנת 1936 קיבל פרופסורה באוניברסיטה העברית בתחום הכימיה הפיזיקלית. תחת השפעתו, החל תחום זה להתפתח בארץ, ופרקש נחשב לאביו של המדע הזה בישראל. ב-30 בדצמבר 1948, כשפרקש היה בדרכו לנסיעה בתפקיד לארה"ב, המטוס שבו טס התרסק מעל איטליה, והמדען הצעיר מצא את מותו. ארכיונו האישי נמצא היום באוספים הארכיוניים בספרייה הלאומית.