ישיבת מיר נוסדה בשנת 1815 והייתה אחד ממרכזי התורה החשובים בבלארוס.

כשפרצה מלחמת העולם השניה, פולין התחלקה בין גרמניה לבין ברית המועצות על פי הסכם מולוטוב-ריבנטרופ. יהודים רבים וביניהם ישיבות מזרח אירופה נהרו לווילנה שהייתה אז עיר חופשית בליטא. עגלות עמוסות במשפחות ותלמידים עשו את דרכם למקום שנחשב יותר בטוח. אחת הישיבות שנסעה לווילנה הייתה ישיבת מיר על רבניה ומשפחות צוות ההוראה וההנהלה. אחד הבחורים, ישראל מרגלית, העמיס עגלה עם חלק מהספרייה המכובדת של הישיבה לטובת המשך לימוד התורה.
כ-2,500 יהודים נשארו במיר עד ליוני 1941 אז פלשו הגרמנים. רוב יהודי העיר נרצחו עד אוגוסט 1942.
ישיבת מיר המשיכה לפעול בעיר ווילנה אך המקום שהוקצב ל-300 תלמידיה לא הספיק, והם נאלצו לעבור לפרבר נובוגראד למבנה מרווח יותר. משם הם העתיקו את מקומם לעיר קיידאן בצפון ליטא למשך כ-7 חודשים. לדרישת הממשלה, משם הישיבה נאלצה להתפצל לארבע עיירות סמוכות. זמן קצר לאחר מכן השתלטה רוסיה על ליטא. הנהלת הישיבה, יתר הפליטים היהודים ויהודי ליטא הבינו שהגיע הזמן לברוח מאימת הסובייטים.
הרב הראשי של ארץ ישראל, הרב הרצוג, ניסה להשיג סרטיפיקטים המאפשרים כניסה לארץ. הרוסים אישרו נסיעה של יהודים לנמל אודסה. אבל הספר הלבן משנת 1939 מנע כניסה של יהודים רבים ורק מעט מפליטי ליטא הצליחו בדרך זו להגיע לחוף מבטחים. בינתיים צבא גרמניה כבש את דנמרק ומנע יציאה מליטא דרך הים הבלטי. גם הולנד, בלגיה וצרפת נכבשו והדרך למערב ננעלה לחלוטין. יהודי ליטא היו לכודים. הדרך היחידה שנותרה הייתה מזרחה אל תוך רוסיה האנטישמית אך להיכן ייסעו ועם איזה אישורי מעבר?
לקראת השתלטותה של רוסיה על ליטא, החלו מדינות העולם לסגור את שגרירויותיהן. דווקא בזמן הזה החליטה יפן לפתוח קונסוליה בעיר הליטאית קובנה בניהולו של צִ'יאוּנֶה (סֶמְפּוֹ) סוּגִיהַארַה. ליהודי ליטא לא נותרו הרבה ברירות והם פנו ל סוּגִיהַארַה בבקשה לקבל אשרת מעבר ליפן הרחוקה. סוּגִיהַארַה פנה לממונים עליו ביפן וקיבל תשובה שבעיניו לא הייתה ברורה אך לשמחתו איפשרה הפעלת גמישות מסוימת על מנת להציל את היהודים. הוא הודיע שיסכים להנפיק את האישורים אבל הם יהיו מותנים בקיומה של ארץ יעד. יפן תהיה רק תחנת מעבר. בעת מלחמה אפשרויות יעדי ההגירה היו מוגבלות ביותר, במיוחד לפליטים יהודיים. הייתה זאת הברקה של שני תלמידי ישיבה בעלי אזרחות הולנדית שהצילה לבסוף יהודים רבים. הם פנו לקונסול ההולנדי יאן צורטנדיאק בקובנה. הם ידעו שהולנד כבר נכבשה בידי הנאצים ולכן ביקשו אישור הגירה לאי קוראסאו באוקיינוס האטלנטי שהייתה מדינת חסות הולנדית. הקונסול הסביר שלקוראסאו אין צורך באישור והיא פתוחה לכולם אם כי מושל האי עלול להגביל את כניסתם. הבחורים התעקשו לקבל חותמת פיקטיבית בדרכון שיהווה אישור הגירה למרות שאישור כזה לא באמת היה קיים. הקונסול הסכים ובכך פתח את הדרך לקוראסאו דרך יפן. יהודים רבים נהרו לקונסוליה ההולנדית לקבל את האישור הדמיוני.

סוּגִיהַארַה, למרות שהבין את התרמית, החל להנפיק אשרות מעבר ליהודים. הוא וצוותו בקונסוליה עבדו ימים ולילות בהכנת אלפי אישורים. גם כשנאלץ לסגור את הקונסוליה בהוראת הרוסים המשיך להחתים אישורים גם דרך חלון הרכבת ברציף של קובנה משם נסע לתפקידו החדש בברלין.
הפליטים עמדו עתה בפני בעיה נוספת. ברית המועצות ניהלה מדיניות של "שערים סגורים". בעיני השלטון כל מי שחשקה נפשו לעזוב את "אמא רוסיה" והמדינות שבשליטתה נחשד בריגול. הרוסים פתחו שני משרדי הגירה בליטא אליהם היה אפשר לפנות על מנת לנסות לבקש אישור יציאה. בהתחלה חששו הפליטים, ובצדק, לפנות אליהם. יהודים ובמיוחד בחורי ישיבה היו שנואי נפשם של השלטון הרוסי האנטישמי וקורבנות קל ל NKVD. רוב הסיכויים שהנכנס למשרד ההגירה ימצא את עצמו על רכבת למחנה עבודה בסיביר. ובכל זאת לא נותרה ברירה. בסתיו של 1940 מספר תלמידי ישיבת מיר לקחו את הסיכון וביקשו לנסוע לקוראסאו דרך יפן עם אישוריהם החדשים. בעקבותיהם פנו פליטים רבים נוספים והמתינו במריטת עצבים לתשובה. למרבה הפלא ובניגוד למצופה, בתחילת 1941, התחילו להגיע אישורי היציאה. מכשולים נוספים וקשיים כספיים עמדו בפני תלמידי ישיבת מיר והפליטים האחרים אך בדרך נס נמצא פתרון לכל בעיה. הדרך הארוכה ליפן נפתחה.

אחד הנוסעים היה הרב יחזקאל לווינשטיין, המשגיח הרוחני של ישיבת מיר שיצא עם תלמידיו ליפן. שנים רבות לאחר מכן הוא הטיב לתאר את האירועים כך:
"כמה עצות וסיבות הזמין השם יתברך על דבר נסיעתנו ממיר לוילנא ואחר כך מוילנא לקיידאן ליטא, ואחר כך הפלאים הגדולים השגת הרשיונות ועיקר הפלא הגדול אשר אין להבין שנתנו לנו הרוסים רשות לנסוע כפי רצוננו אשר זאת לגמרי היפוך טבעם …[לא התנהגות טבעית של השלטונות הרוסיים] החליפו משפטם והנהגתם. במקום אשר שולחים בעד חטאים כאלו לסיביר היטיבו עמנו, אשר הם בעצמם אינם יודעים מה היה עמהם."
התלמידים ארזו את חפציהם המעטים, את ספריהם ואת זכרונות הילדות שלהם ויצאו אל הלא נודע. רבים מהם תושבי פולין וארצות אחרות באירופה לא ידעו דבר אודות משפחותיהם וחששו לרע מכל. הדרך ליפן חצתה את כל רוסיה ממערב למזרח. הנסיעה ברכבת הטרנס-סיבירית אל עיר הנמל הרוסית ולדיבוסטוק, ארכה 11 ימים. ברכבות מליטא אל העולם הלא נודע נסעו כ 5,000 פליטים יהודיים וביניהם 350 תלמידי ישיבת מיר עם הצוות ומשפחותיהם.

לאחר זמן המתנה ארוכה, חצו באוניה לארץ השמש העולה. את פניהם קיבלו יהודי העיר קובה Kobe שהתיישבו שם כמה שנים לפני כן לצורכי מסחר. הם שיכנו את תלמידי מיר בעיר ואפשרו להם להשתמש באולם ריק במבנה בית הכנסת המקומי, כישיבה זמנית עד שיעזבו את יפן. עם הצטרפותם של בני ישיבות נוספות שהגיעו מליטא, הקהילה מצאה מקום מרווח יותר במעלה ההר. לאחר שבועות ארוכים של פחדים, חששות וטלטולים בדרכים, התיישבו התלמידים בהנהגת ראש הישיבה, הרב חיים שמואלביץ, במעונם החדש להמשך לימוד מסכת יבמות, אותה התחילו כחצי שנה לפני כן אי שם בליטא הרחוקה.
יפן לא הייתה יעדם של הפליטים. במשך זמן רב ניסו להשיג אישורי הגירה לארה"ב ומקומות אחרים אך למרות כל המאמצים רק אישורים מעטים הגיעו. הישיבה החליטה שאם לא יוכלו לעבור לארץ אחרת כגוף אחד יחד, הם יוותרו על האישורים הבודדים. למרות קבלת הפנים הטובה שקיבלו משלטונות היפניים, תנאי שהותם במדינה היה הגירה וכשזה לא התרחש, החליט השלטון להעביר את היהודים לעיר שנגחאי שבסין. המעבר הגיע בדיוק בזמן. כמה חודשים לאחר מכן תקפו היפנים את נמל פרל האמריקאי בהוואי. הקשרים עם ארה"ב נותקו, יפן הפכה ליעד הפצצה וכל תושב זר נחשב כמרגל פוטנציאלי לאויב האמריקאי.
בשנגחאי מצאו בני הישיבה קהילה יהודית עשירה ומשגשגת. הקהילה נוסדה כמאה שנים לפני כן על ידי סוחרים יהודיים מהודו שהעתיקו את מקומם אל סין לצרכי עבודה. הם הביאו איתם מנהגים של יהדות עיראק שמשם היגרו אבות אבותיהם להודו. יהודים אשכנזים התיישבו בשנגחאי לאחר מלחמת רוסיה-יפן. היו אלה שבויי מלחמה שהשתחררו והעדיפו לא לחזור לרוסיה הצארית. איתם גרו גם יהודים שברחו מהפוגרומים ברוסיה ואוקראינה וכך הוקמה קהילה חדשה אשכנזית לצד הספרדית הוותיקה. בשנות ה-30 קלטו קהילות שנגחאי את יהודי גרמניה ואוסטריה שברחו מהיטלר כל עוד היה הדבר אפשרי.
גם הפעם סייעו בני הקהילה בקליטת הפליטים. להפתעתם הרבה של תלמידי ישיבת מיר, כאן בלב שנגחאי נמצא עבורם מקום שענה לכל צרכיהם – בית הכנסת "בית אהרון".
כ-15 שנה לפני כן החליט אחד מעשירי המזרח, יהודי מתבולל בשם סלאח חרדון, להוציא סכומי עתק לשם בניית בית כנסת מפואר בעל 3 קומות הכולל אולם כנסים, מטבח משוכלל וספרייה. לבית הכנסת הוא קרא "בית אהרון" על שם אביו. במבנה הגדול כמעט לא נעשה שימוש שכן הוא נבנה באזור העסקים במרכז העיר, רחוק מהשכונות היהודיות. הריהוט ומדפי הספרים העלו אבק עד שלפתע ב-1941, הוא התמלא במאות תלמידי ישיבה מאירופה. כך, בעוד השואה האיומה התנהלה בעוצמה באירופה הרחוקה ולאחר כמעט שנתיים של נידודים, חזרו התלמידים לחבוש את ספסלי בית המדרש של ישיבת מיר סניף שנגחאי.

אתגרים רבים עמדו מול הישיבה וראשיה ואלה רק גברו כשפרצה המלחמה בין יפן לארה"ב. בבת אחת נעצרו התרומות והקשר עם העולם החופשי. בהמשך, לבקשת בעלי בריתם הנאצים, צופפו היפנים כ- 20,000 פליטים יהודים ב"גטו שנגחאי. הגעה לבניין בית אהרון דרשה אישורים מיוחדים ובהמשך נאלצו התלמידים ללמוד בתוך מתחם הגטו, ובכל זאת המשיכו התלמידים את סדרי הלימוד המקובלים.
ספרי שנגחאי
אחת הבעיות שעמדה מולם הייתה המחסור בספרים. לבית הכנסת "בית אהרון" הייתה אמנם ספרייה מסודרת אבל הייתה זאת ספרייה בסיסית ולא ספרייה ישיבתית עשירה ומגוונת. ספרים רבים הביאו איתם התלמידים מאירופה אבל אלו לא הספיקו למאות הלומדים, במיוחד לאחר הצטרפותם של בני ישיבות נוספות אל תלמידי מיר.
הפתרון שמצאו התלמידים היה פשוט – צילומי ליתוגרפיה זולים ומהירים. בשנגחאי לא חסרו עסקי שכפול ספרים. שני תלמידים מהישיבה לקחו על עצמם לנסות לשכפל את מסכת גיטין. הניסוי הצליח. הישיבה הזמינה 250 עותקים וחגגו את אירוע ההדפסה בסעודה חגיגית בל"ג בעומר 1942.

מכאן המשיכו לצלם את יתר מסכתות התלמוד הבבלי למעט מסכת יבמות אותה למדו בישיבה כשעזבו את אירופה ולרוב התלמידים היו העותקים הפרטיים שלה.
בהמשך שוכפלו והודפסו ספרים רבים בכל תחומי הספרות התורנית. פרשנות על התלמוד, משנה תורה לרמב"ם, סידורים, חומשים, ספרי מוסר, הלכה ועוד. הישיבה הקימה ועדת הדפסה שבחרה מה להדפיס וטיפלה בהזמנות. פליטים מישיבות נוספות שהגיעו לשנגחאי כמו ישיבת חכמי לובלין וישיבת תומכי תמימים, הדפיסו ספרים אחרים לפי צורכיהם. בכל הספרים הודפס שם מקום ההוצאה לאור – שנגחאי ולעיתים גם שם הישיבה או הארגון האחראי על ההפקה.

הספרים שנבחרו להדפסה התאימו למדף ספרים ישיבתי ולצרכי הלימוד של התלמידים. מנהל ספריית הרמב"ם בבית אריאלה בת"א, הרב אבישי אלבוים, בדק ומצא שבשנגחאי יצאו לאור 104 כותרים שונים. אחד מהם, "שפת אמת על סדר קודשים" נתגלה במפתיע בספרייה של אוניברסיטת חרבין בסין. חלק מהמילים בשולי הדפים היו מחוקים ואפשר לראות כיצד בבית הדפוס מילאו את החסר בכתב יד.

השכפול הליתוגרפי הוא לא איכותי במיוחד אך מספיק כדי לאפשר קריאה ולימוד. הנייר הסיני שונה קצת מהנייר האירופאי ולעיתים אפשר לחוש זאת באצבעות.
שכפול ספר קיים זה דבר אחד אבל כדי להדפיס משהו חדש לגמרי צריך בית דפוס מסודר. באותה תקופה נפתח בעיר בית דפוס יהודי – "דפוס אלנברג". בית דפוס זה שימש את התלמידים להדפסת כתבי עת וקבצים תורניים שהכילו גם מאמרים פרי עתם. אחד הקבצים, "תורה אור", הודפס לזכר בחור הישיבה אברהם יצחק ישראל ארבוז על ידי חבריו בישיבת מיר.

פרסום אחר של דפוס אלנברג היה החוברת החמישית בסידרת שיחותיו של המשגיח הקודם של ישיבת מיר, הרב ירוחם ליבוביץ'. החוברות הראשונות יצאו בסוף שנות ה-30 בעיר מיר, חוברת 4 יצא בקיידן כשהישיבה פעלה שם והחוברת החמישית כבר יצא לאור בשנגחאי.


חלק גדול מספרי שנגחאי נמצאים באוסף הספרייה הלאומית. ביניהם ספרים ששמות בעליהם הקודמים בכתב יד, מעטרים את דפיהם הראשונים. ספרים אלו הם עדות למסע הצלה בלתי יאומן ולדבקותם של בני ישיבת מיר בלימוד תורה במזרח הרחוק בזמן השואה.
עם סיום מלחמת העולם השניה ולאחר שנים מאתגרות של נדודים ושהייה בארץ רחוקה, קיוו בני הישיבה לעזוב את סין ולהגר כגוף אחד לארץ ישראל. אך השלטונות הבריטים הגבילו מאד את מתן אשרות הכניסה לארץ. בלית ברירה ביקשה הישיבה להגר לארה"ב. ב 1946 ולאחר המתנה ארוכה לקבלת האישורים הנדרשים, עלו בחורי הישיבה ומשפחות צוות ההנהלה והרבנים לאוניות והפליגו אל החופש. חלקם התמקמו בניו יורק והמשיכו שם את לימודיהם. אך אחרים הצליחו בסופו של דבר להגיע לארץ ישראל ולבנות בירושלים את ישיבת מיר החדשה.
ישיבת מיר נחשבת כיום כישיבה הגדולה בעולם.