בסתיו של שנת 1949, עם ייסוד הרפובליקה הפדרלית הגרמנית בשטחי הכיבוש של בעלות הברית המערביות, למדינה הגרמנית הצעירה עוד לא הייתה ריבונות מלאה בכל התחומים. חוקי הכיבוש נותרו בתוקף, וביטולם היה בגדר הבטחה שהייתה תלויה בשורה של הסדרים פוליטיים ופיננסיים. אחד התנאים לריבונות גרמנית מלאה נגע לפיצויים שישולמו לקורבנות השואה. ברמה העקרונית, ההנהגה הפוליטית של מדינת ישראל הייתה מעוניינת לקבל פיצויים מגרמניה, אך תחילה היא לא הייתה מוכנה לנהל משא ומתן ישיר עם נציגים גרמניים. אלא שבעלות הברית המערביות סירבו לתבוע את הפיצויים מגרמניה עבור ישראל, וכך שני הצדדים נאלצו לשבת סביב שולחן משא ומתן. הדבר קרה החל בתחילת שנת 1952, בעיר האג שבהולנד.

​הדיונים בין שתי המשלחות לא היו קלים. הדבר לא היה מפתיע לאור הנושא הקשה והעובדה שחלפו שבע שנים בלבד מאז שחרור מחנות הריכוז וסיום מלחמת העולם השנייה. רוב הציבור במערב גרמניה התנגד לפיצויים. בעיקר התנגד הציבור הגרמני לסכום הגבוה שהקנצלר אדנאואר היה מוכן לשאת ולתת עליו, כ-4 מיליארד מרק גרמני. אולם אדנאואר הבין היטב שאין דרך אחרת אלא להגיע לפשרה עם הצד הישראלי, ובכך לסייע בהשבתה של גרמניה המערבית למקומה הראוי בקרב עמי העולם. לעומת זאת, כל תביעה נגד ממשלת מזרח גרמניה נותרה ללא מענה מטעם המשטר הקומוניסטי, שציית להוראות ממוסקבה ומעולם לא הכיר באחריות העם הגרמני כולו לשואה ולמעשי הזוועה שנעשו בשם העם הגרמני עד שנת 1945.

עוד לפני המשא ומתן בין נציגי שתי המדינות (פליקס שנער מהצד הישראלי ופרנץ ביהם מהצד הגרמני) הוגשו תביעות נגד גורמים רשמיים בגרמניה. התביעות הוגשו ברמת מדינות המחוז השונות שלימים הרכיבו את הרפובליקה הפדרלית – אך לא היה הסדר כלל-גרמני עם יעדים וסכומים ברורים. המשא ומתן בין המדינות היה ארוך וקשה. התקיימו דיונים רבים, וחלקם נוהל תחת מעטה של סודיות מחשש לפגיעה פיזית בנציגים. בחודש מאי 1952 אירע משבר רציני, והצדדים עזבו את הדיונים לאחר מחלוקת קשה בנושא גובה הפיצויים. בסופו של דבר, לקראת סוף מאי 1952, הגיעו הנציגים – ביניהם גם נשיא הקונגרס היהודי העולמי נחום גולדמן – להסכם. לפי ההסכם, גרמניה המערבית התחייבה לספק למדינת ישראל סחורות ושירותים בשווי של 3.5 מיליארד מרק גרמני במשך תקופה של 12 שנה. חלק מההסכם היה ההבטחה הגרמנית לאפשר גם פיצויים אישיים והחזרת רכוש לבעליהם החוקיים. לצורך מימוש הסעיף הזה, הובטח סכום נוסף של 450 מיליון מרק גרמני.

לא רק רבים מאזרחי מערב גרמניה הסתייגו מן ההסכם המתגבש. גם חלקים ניכרים מן הציבור הישראלי לא היו מוכנים לקבל את עצם המשא ומתן, וגם לא את הכספים מ"ארץ הרוצחים", שהוגדרו על ידי המתנגדים "כספי דמים". מנהיג האופוזיציה דאז, מנחם בגין, הוביל את המאבק נגד ההסכם ונגד מדיניותו הבסיסית של דוד בן-גוריון, שקידם במשך שנים את ההתקרבות בין ישראל ומערב גרמניה. בחודשי האביב של שנת 1952, כשכבר התנהל משא ומתן בין הצדדים, בגין נאם בהפגנות ענק שארגן נגד השילומים. בקרב המפגינים היו ניצולי שואה רבים שלא השלימו עם המגעים של מדינת היהודים עם הגרמנים, שרק שבע שנים לפני כן היו חלק מהרייך השלישי, שהיה ללא ספק התגלמות הרשע בתולדות ישראל בעת החדשה. פרק הזמן הקצר שחלף מימי השואה, הטלטלה העזה שעברה על הציבור היהודי עם גילוי היקפה ותוצאותיה והסימנים לחזרה מהירה של גרמניה לחיק האומות הלגיטימיות, עוררו רגשות עזים וחוללו סערת רוחות בקרב היהודים במדינת ישראל וברחבי העולם. המחשבה שמי שהיו אך אתמול הגרועים ברוצחי העם היהודי ישלמו כעת פיצוי כספי על פשע שאין לו כפרה, הייתה עבור רבים אפשרות בלתי נסבלת. התנגדות מסוימת התעוררה גם נוכח הרעיון שמדינת ישראל הצעירה נוטלת על עצמה את ייצוג היהודים באשר הם, ומסכימה בשמם לקבל פיצוי כספי מהגרמנים. הרגישות הייתה כה רבה עד שרשויות המדינה העדיפה לדבר על "שילומים", מונח שהחליף את המושג הבעייתי "פיצויים", כדי להימנע מיצירת הרושם שהמדינה סבורה שאפשר לפצות את הניצולים ואת צאצאי הקרבנות על מה שהנאצים עשו להם.

ב-10 בספטמבר 1952 חתמו הנציגים על ההסכם. הם עשו זאת במקום ניטרלי: בבית העירייה של לוקסמבורג. משה שרת כשר החוץ הישראלי, נחום גולדמן כנציג הסוכנות היהודית וקונרד אדנאואר כשר החוץ המכהן (בד בבד עם תפקידו כקנצלר הרפובליקה הפדרלית). כיום יש הסכמה בקרב רוב ההיסטוריונים, שבזכותו של אדנאואר ההסכם זכה לתמיכה פוליטית בגרמניה, תמיכה שלא הייתה קיימת בשלבים השונים של המגעים לקראת ההסכם. הבנתו הכנה כי אין לפקפק באחריות של גרמניה המודרנית לפשעים של הנאצים, עיצבה את מה שהוא אחד מקווי היסוד של מדיניות גרמניה עד עצם היום הזה. ואכן, ההכרה הגרמנית באחריות לפשעי הנאצים והיחס המיוחד כלפי מדינת ישראל הנגזר מכך הן אבני יסוד ביחסים בין שתי המדינות, כמעט ללא קשר להרכב הממשלות בגרמניה ובישראל.

במסגרת השילומים הגיעו לישראל סחורות רבות שעזרו לכלכלת המדינה להתייצב במהלך השנים. למשל, ישראל קיבלה רכבות חדישות תוצרת גרמניה, שפעלו במשך שנים אחדות בשירות רכבת ישראל. אולם, מהר מאוד התברר שהמנועים העדינים לא עמדו בתנאי האקלים של המזרח התיכון, כך שהרכבות הוצאו מהשירות. אחדים מהקרונות זכו בקריירה שנייה, מפתיעה: אחד הקרונות נתרם לארגון "יד שרה" ושימש כמשרד של הארגון במרכז ירושלים, וקרון אחר משמש עד היום בית לתיאטרון בובות, "תיאטרון הקרון", בגן הפעמון בירושלים.

בעקבות ניצחון בעלות הברית על גרמניה במלחמת העולם השנייה חולקה המדינה, וב-7 באוקטובר 1949 נוסדה באזור הכיבוש הסובייטי מדינה עצמאית בשם "הרפובליקה הגרמנית הדמוקרטית". שבועות אחדים קודם לכן הקימו את הרפובליקה הפדרלית במערבה של גרמניה. תחילה רק מספר קטן של מדינות בעולם הכירו במדינה המזרח גרמנית, שמנתה כ-17 מיליון תושבים. מובן שהמדינות שהכירו בה היו בעיקר כאלו שהיו תחת הפיקוח הישיר של הממשלה הסובייטית במוסקבה. על אף שבאופן רשמי הרפובליקה המזרח גרמנית חרתה על דגלה (ובשמה) את השאיפה לדמוקרטיה, הייתה זו דמוקרטיה מוגבלת מאוד; מעמדה השולט של המפלגה הסוציאליסטית-קומוניסטית לא עמד כלל לדיון. כוח צבאי סובייטי שהוצב על אדמתה ומנה בין 350,000 וחצי מיליון חיילים, לא היה רק הכוח הצבאי המערבי ביותר של ברית המועצות באירופה, אלא גם אמצעי לחץ לשימור הסטטוס קוו: הכוח הצבאי הסובייטי במדינה נועד להבטיח את נאמנותה לגוש הקומוניסטי (עד התפרקותו בשנת 1989). כוח הצבא הסובייטי פעל במלוא עצמתו בימי המרד של אזרחי מזרח גרמניה נגד המשטר הקומוניסטי ביוני 1953, מרד שלאחריו השתרר במדינה שקט מתוח שנשמר ביד ברזל.

ביטוי נוסף לחוסר שביעות הרצון של אזרחים רבים מהדיקטטורה בחלקה המזרחי של גרמניה היה הבריחה ההמונית למערב, שהתרחשה עד אמצע חודש אוגוסט 1961. בפעולה פתאומית – אך לא לגמרי בהפתעה – הקימו כוחות משטרה וצבא חומה סביב ברלין המערבית ובאזור הגבול בין שני חלקי גרמניה, וזאת במטרה למנוע את המשך בריחתם של אזרחים ממזרח למערב. גבול זה היה גם קו התפר בין שני הגושים הפוליטיים הגדולים, דבר שהוביל לריכוז גדול של כוחות צבאיים בשני הצדדים של "מסך הברזל", כולל כלי נשק גרעיניים רוסיים ואמריקאים.

לאחר בניית החומה הייתה אוכלוסיית מזרח גרמניה לכודה בארצה. נסיעות לחוץ לארץ התאפשרו רק למדינות הגוש הקומוניסטי. רבים לא השלימו עם המצב וניסו לברוח מעבר לחומה. היו כאלה שהצליחו בכך, אך יותר מ-200 בני אדם שילמו בחייהם על הניסיון לצאת לחופשי. ההנהגה הפוליטית פעלה לפי ההנחיות של המנהיגים הקומוניסטיים בברית המועצות, וניסתה בכל דרך אפשרית לכוון את האזרחים לאהדה כלפי האידיאולוגיה מבית המדרש הרוסי-סובייטי. כלי התקשורת פעלו תחת צנזורה, ועל כן הספרות וכל סוגי הפרסום חויבו להישמע לקו המנחה של מפלגת השלטון. מתנגדי המשטר היו במוקד הפעילות של המשטרה החשאית, ה"שטאזי", שניהלה ארכיונים עצומים שכללו (ועדיין כוללים) מידע על מיליוני אזרחים.

לפי האידיאולוגיה הרשמית, תושביה של הרפובליקה הגרמנית הדמוקרטית חיו על פי עקרונות ההומניזם, ולכן ממילא לא היה מקום להתעסקות עם העבר האפל של גרמניה כולה עד שנת 1945. לפי דעתם של המנהיגים הקומוניסטיים, כל הנאצים הישנים והחדשים חיו במערב גרמניה, ואילו המהות הסוציאליסטית-קומוניסטית של גרמניה המזרחית פטרה את החברה המזרח-גרמנית מכל התעסקות ואחריות לפשעי הנאצים. אמנם בנרטיב ההיסטורי הרשמי הוזכרו הקרבנות היהודיים, אך הם תפסו את המקום השני בלבד אחרי הקרבנות הקומוניסטיים. ככל הנראה, קונסטרוקציה זו של ההיסטוריה התקבלה על ידי חלקים ניכרים של האוכלוסייה, מכיוון שהיא חסכה מהם את מסע הייסורים של קבלת האחריות לשואה ושל ההכרה במעשים שנעשו על ידי גרמנים, שרבים מהם חיו גם במזרחה של גרמניה. מכאן נבעה גם ההסתייגות המוחלטת של ההנהגה הפוליטית ממגעים עם ארגונים יהודיים או עם מדינת ישראל כמעט עד לסופהּ של המדינה המזרח גרמנית, בשנים 1990-1989. ​ ​

הרגיעה הפוליטית העולמית בשנות ה-70 של המאה הקודמת והמדיניות החדשה כלפי המזרח של ממשלת מערב גרמניה באותה עת גרמו להתרככות מסוימת במזרח גרמניה. מדינות רבות הכירו בה רשמית, המשטר הקומוניסט ויתר על הסטליניזם האדוק וניסה לשפר את רמת החיים של תושבי המדינה. למדיניות חברתית זו היה מחיר גבוה, שהכלכלה הקומוניסטית המתוכננת לא הייתה מסוגלת לעמוד בו לאורך זמן. כוחה של כלכלת מזרח גרמניה – אחת החזקות בגוש הקומוניסטי, אך חלשה בהשוואה למדינות המערב – ירד מאוד, והאזרחים לא יכלו לקנות הרבה תמורת הכסף שהרוויחו.

קשרים פרטיים למקורות אספקה של מוצרים נדירים היו חשובים מאוד לרוב תושביה של גרמניה המזרחית. מצב זה עמד בסטירה לתמונה האידיאולוגית של החברה הקומוניסטית, שהייתה לכאורה עליונה מאלו הקפיטליסטיוֹת. ואולם, מיליוני אזרחי מזרח גרמניה היו חשופים לשידורי טלוויזיה ורדיו מערב-גרמניים, והתרשמו במידה גוברת מן המצב הריאלי, שהיה הפוך לחלוטין מהמציאות שהם הכירו בארצם. במצב זה נקטה ההנהגה הפוליטית בצעדים אופורטוניסטיים. אחד מהם היה ההתקרבות הפתאומית לנושאים יהודיים. בנובמבר 1988 ערך הפרלמנט המזרח-גרמני (שהיה למעשה גוף נטול כוח) טקס זיכרון ל"ליל הבדולח" ואף הקים מכון מחקר להיסטוריה יהודית, ה"צנטרום יודאיקום", בבניין בית הכנסת החדש בברלין. דרך "הערוץ היהודי" קיוו המנהיגים ליצור קשר טוב יותר עם הממשל האמריקני – וכך להשיג הקלות כלכליות.

החל משנות ה-80 של המאה ה-20 נוסדו קבוצות דיסידנטיות על ידי אזרחים ספקניים, בעיקר סביב קהילות כנסייתיות פרוטסטנטיות. המשטרה החשאית ניסתה לחדור למעגלים אלה ולהאט את התפשטותם, אך במחצית השנייה של העשור ההתפתחות כבר הייתה בלתי-הפיכה. עוד ועוד אזרחים הגישו בקשות רשמיות לעזוב את המדינה, אחרים ניסו לברוח דרך מדינות הגוש הקומוניסטי, ובסתיו 1989 התכנסו מאות אלפים להפגנות לא אלימות נגד המשטר. ההנהגה הפוליטית, שהייתה מורכבת בעיקר מאנשי מנגנון קשישים שלא הבינו את שינויי הזמן, לא מצאה תשובות הולמות לדרישות המפגינים, ובחודש אוקטובר 1989 קרסה הממשלה הקומוניסטית תחת לחץ ההפגנות. הפעם, בניגוד לשנת 1953, ההנהגה במוסקבה תחת מיכאל גורבצ'וב, שקידם את השינוי בשיטה הקומוניסטית (פרסטרויקה), לא התערבה.

בזרם המאורעות, פתיחת הגבולות בערב 9 בנובמבר 1989 הייתה כמעט בלתי-נמנעת. במהלך מסיבת עיתונאים על נושאים אחרים הכריז מנהיג קומוניסטי אחד באופן מאולתר על ההחלטה לאפשר לאזרחים לנסוע לרחבי העולם ללא הגבלה. בעקבות זאת התקהלו אלפי אזרחים מול מעברי הגבול בברלין ודרשו את פתיחתם. לבסוף נכנעו חיילי משמר הגבול ופתחו את השערים למערב. פתיחת הגבולות שינתה את הדינמיקה של "המהפכה השקטה": מ-9 בנובמבר, מספר גובר של מפגינים הפסיקו לתבוע שינויים חברתיים במזרח גרמניה: כעת הם דרשו את איחודה עם הרפובליקה הפדרלית. ואכן, האיחוד הושג לאחר דיונים עם בעלות הברית לשעבר (ארצות הברית, ברית המועצות, אנגליה וצרפת), ב-3 באוקטובר 1990.

עוד לפני תום מלחמת העולם השנייה, קבעו שלוש בעלות הברית המובילות (ארצות הברית, ברית המועצות ובריטניה) שורה של הסדרים לקראת סיומה. במפגשי הפסגה שהתקיימו בטהרן, בילטה, וגם לאחר סיום המלחמה בוועידת פוטסדם, הוחלט שלאחר תבוסת גרמניה יוקם בית משפט בינלאומי. בין בעלות הברית סוכמה הקמת בית משפט צבאי בינלאומי, שעליו תוטל האחריות לחקור ולשפוט את המעשים שנעשו בשמה של גרמניה לפני המלחמה ובמהלכה. הכוונה הייתה בעיקר לטפל בפשעי המלחמה, הפשעים שבוצעו נגד אזרחים והפשעים שנעשו במחנות הריכוז. לפני הקמת בית המשפט צורפה צרפת לשלוש בעלות הברית העיקריות, וקיבלה אף היא מקום בקרב השופטים (מכל מדינה מונו שני שופטים). העיר נירנברג נבחרה להיות מקום מושבו של בית המשפט הצבאי, וזאת מכמה סיבות: ראשית, למרות ההרס הרב שפקד גם את העיר הזו, מבנה בית המשפט המקומי כמעט ולא נפגע, כך שיכלו להתקיים בו דיונים רבי משתתפים וקהל; לידו עמד מבנה בית כלא, בו ניתן היה לכלוא את הנאשמים במהלך הדיונים ולהביאם בקלות בעת הצורך. שנית, דווקא בגלל תפקידה הבולט של נירנברג באידיאולוגיה הנאצית – בה התקיימו ימי המפלגה וחוקקו "חוקי נירנברג" הגזעניים נגד יהודים – היה בקיום המשפט בעיר זו ממד סמלי מובהק.

אולם, כדי שבית המשפט יוכל לפעול נגד הנאשמים, היה צריך לעצור אותם. מיד לאחר ימי המלחמה האחרונים התברר שאחדים מבכירי הנאצים אינם עוד בחיים: היטלר וגבלס התאבדו ב-30 באפריל וב-1 במאי, בהתאמה. מזכירו של היטלר, מרטין בורמן, נעדר (שרידי גופתו התגלו רק בשנות ה-70, בברלין). אחרים מבין הנאצים הבולטים ניסו תחילה להסתתר, אך במהלך השבועות שלאחר כניעת גרמניה נלכד מספר גדול מביניהם במקומות נידחים וגם במחנות שבויים, לאחר שהם הסוו את עצמם בקרב המון החיילים הגרמנים שנפלו בידי בעלות הברית. כך קרה לראש ה-SS, היינריך הימלר, שניסה לשרוד עם זהות חדשה. אף על פי כן, חיילים בריטיים זיהו אותו, ועוד לפני שהיה בידי הבריטים סיפק לחקור אותו חקירה מקיפה, הוא הצליח להתאבד. רודולף הס, סגן מנהיג המפלגה הנאצית, נעצר עוד ב-1941, כאשר טס לאנגליה על דעת עצמו כדי לנהל משא ומתן על שלום עם גרמניה. הנאצי הבכיר ביותר שנלכד בחיים היה הרמן גרינג. הלה נכנע לכוחות אמריקניים, יחד עם משפחתו ורכושו – שהועמס על לא פחות מ-17 משאיות.

החל ב-20 בנובמבר 1945 ישבו 24 נאצים על ספסל הנאשמים באולם בית המשפט בנירנברג. הללו הוגדרו כפושעים עיקריים. שמונת השופטים ישבו בדין, ובראש בית המשפט הצבאי הבינלאומי עמד השופט הבריטי סר ג'ופרי לורנס. כל מדינה מבעלות הברית מינתה תובע. במהלך הדיונים הראשוניים סביב שאלת ההאשמות התברר, שסוגיית ההאשמות מורכבת יותר ממה שהיה ניתן לשער; אמנם לא היה ספק לגבי האחריות הגרמנית למלחמה, אך חלק מהפשעים בוצעו למעשה גם על ידי צבאות אחדים מקרב בעלות הברית. למשל, בספטמבר 1939, ברית המועצות תקפה את פולין יחד עם גרמניה, והוציאה להורג אלפי קצינים פולנים בעיר קטין (Katyn) ובמקומות אחרים. וכפי שהגרמנים הפציצו ערים רבות ברחבי אירופה במטרה להחריבן, כך עשו בתגובה גם הבריטים והאמריקנים בגרמניה. לכן, לצורך קיום המשפטים בנירנברג וכדי לא לערער על סמכות בית המשפט, נדרש מהמשפטנים הבינלאומיים למנוע השוואות כאלו ולהתמקד במעשי הגרמנים. בנוסף, כבר בימים הראשונים לדיונים, החל להתגלע מתח בין ברית המועצות ובין בעלות הברית המערביות על רקע המחלוקת האידיאולוגית בין הגושים, שלימים אכן הייתה עתידה להוביל למלחמה הקרה.

הדיונים התנהלו בשפות שונות: באנגלית, צרפתית, רוסית וגרמנית. במהלך כמעט שנה שמע בית המשפט 240 עדים, והוצגו לפניו מסמכים כתובים רבים וגם סרטים. משפט נירנברג הבינלאומי היה חדשני במובנים אחדים: הוא התנהל בו-זמנית במספר שפות והיה מלווה בתרגום סימולטני, והתביעה התבססה על הרעיון שבית משפט בינלאומי ישפוט את האחראים ממדינה מסוימת, שפגעה בחוק הבינלאומי ובאנושות כולה. עבודת בית המשפט בנירנברג וגם זו של גוף דומה שפעל לאחר סיום המלחמה במזרח הרחוק שימשו דוגמה לפעילות בית המשפט הבינלאומי בהאג, שהוקם בעקבות הניסיון והתובנות שנצברו במשפטים שלאחר מלחמת העולם השנייה.

בסוף המשפט, ב-30 בספטמבר וב-1 באוקטובר 1946, נידונו 12 מהנאשמים לעונש מוות, שלושה זוכו והשאר נכלאו בבית הכלא של בעלות הברית במבצר הישן בברלין-שפנדאו, לאחר שנידונו לעונשי מאסר שבין עשר שנים ומאסר עולם. איש מהם לא הודה באשמתו. ב-16 באוקטובר הוצאו להורג מי שנידונו לעונש מוות. גרינג הצליח לשכנע חייל אמריקני לספק לו רעל, כך שהוא התאבד מספר שעות לפני התלייה. האסיר האחרון בבית הכלא בברלין היה רודולף הס. בסופו של דבר גם הס התאבד, בשנת 1987, כשהוא בן 93.

עיתונאים רבים דיווחו מהמשפט בנירנברג. ביניהם היו אנשי שם וסופרים כמו וילי ברנט, אלפרד דבלין, איליה ארנבורג, ארנסט המינגווי, אריך קסטנר, ג'ון סטיינבק ורבים אחרים. כתב עיתון "הארץ" במשפט היה רוברט וולטש, לימים מנהל מכון ליאו בק בלונדון. באופן מפתיע, וולטש לא סבר שלמשפט שנערך בנירנברג יש משמעות רבה או שהוא מועיל ביותר. במכתב אל מרטין בובר מנירנברג מחודש דצמבר 1945, הוא אף ציין, שכל המשפט "בעצם לא מעניין בכלל".

המשפט תועד בסרטים ועם סיומו גם פורסמו הפרוטוקולים השלמים של הדיונים, הכוללים אלפי מסמכים, בסדרה של ספרים עבי כרס באנגלית, בצרפתית וגם בגרמנית. המשפט עצמו והפרסומים עליו נתנו את האות לתחילת המחקר ההיסטורי המקיף על ה"רייך השלישי" ועל פשעי הנאצים.

בניגוד לקשרים הרשמיים והבלתי-רשמיים בין ישראל לרפובליקה הפדרלית הגרמנית, שצמחו והתפתחו כבר משנות ה-50 של המאה הקודמת החל מהסכם השילומים, לא התפתחו כלל מגעים בין חלקה המזרחי של גרמניה למדינת היהודים. ככל הנראה, הנתק לא נבע מצד אחד בלבד: מלבד החשש הברור של גרמניה המזרחית מפני מגעים עם ישראל, שקרוב לוודאי היו מובילים לדרישות פיצויים (שאכן הוגשו על ידי ממשלת ישראל, אך נותרו ללא תגובה), גם ההנהגה הישראלית ידעה שכל מגע עם המדינה הגרמנית הקומוניסטית יגרום לבעיות ביחסים עם הרפובליקה הפדרלית. ממשלת מערב גרמניה פעלה באותם הימים על פי "דוקטרינת הלשטיין", שאסרה על כל קשר רשמי עם מזרח גרמניה ועם גורמים כלשהם שהכירו במדינה זו.

על אף הנתק בין שתי המדינות עד שנת 1990, התנהלו מגעים בין מפלגת השלטון הסוציאליסטית-קומוניסטית בגרמניה המזרחית לבין המפלגה הקומוניסטית בישראל (מק"י), ולאחר פילוג מפלגה זו ביוני 1965 לזרם בשם "הרשימה הקומוניסטית החדשה" (רק"ח). באוסף הארכיוני של המפלגה במחלקת הארכיונים של הספרייה הלאומית התגלו לאחרונה כמה מכתבים והעתקי מכתבים המעידים על קשרים בין המפלגות, שראו זו בזו אחיות במאבקן האנטי-אימפריאליסטי. המכתבים שהתקבלו מהנהלת מפלגת השלטון בגרמניה המזרחית נוסחו בגרמנית, ואילו תשובותיה של המפלגה הישראלית נכתבו לעיתים באנגלית, אך גם בגרמנית. מרבית המכתבים מגרמניה המזרחית הנמצאים בתיקי ההתכתבות חתומים על ידי מנהיג המפלגה והמדינה כולה: ולטר אולבריכט (Walter Ulbricht).

המכתבים משנות ה-60 וה-70 דנים בנושאים שונים: ברוב המקרים מדובר בברכות הדדיות לימי מפלגה, לרגל חגיגות ימי העצמאות של גרמניה המזרחית ובסיכומים ארוכים על מדיניות ברית המועצות במסגרת הגוש הקומוניסטי במרכז ובמזרח אירופה. מכתבים אלה נכתבו בנוסחים האופייניים לתנועה הקומוניסטית, המשבחים את העמדה האידיאולוגית הסובייטית ומגנים את המעשים של האימפריאליזם המערבי. עצם העובדה שוולטר אולבריכט חתום על מרבית המכתבים, מראה את החשיבות שהוא ראה בהודעות אלה לקומוניסטים בישראל. יש לציין שמדובר בתקופה החמה ביותר של "המלחמה הקרה", בה עמד העולם קרוב לפרוץ מלחמה גרעינית בין מעצמות המזרח והמערב. באותה עת אף הושלמה חלוקת גרמניה עם בניית החומה באוגוסט 1961. מובן שההנהגה הקומוניסטית בברלין המזרחית השתמשה בכל אמצעיה על מנת לסגור את השורות מול הקפיטליזם העוין.

עניינים אחרים שהגיעו לסדר היום בחילופי המכתבים בין שתי המפלגות היו אימות הנתונים האישיים של קומוניסטים שהיגרו מישראל לגרמניה המזרחית או משם לישראל, בקשת אספקה של ספרי לימוד אידיאולוגיים ממזרח גרמניה לישראל או אפילו של מכונת דפוס לשם הדפסת עיתונים בערבית.

באפריל 1960 פנו חברי המפלגה הישראלית אל המפלגה האחות הגרמנית בשאלה לגבי האפשרות לשלוח חמישה סטודנטים "פרוגרסיביים" ללימודים בגרמניה המזרחית. מזכ"ל מפלגת האחדות הסוציאליסטית, ולטר אולבריכט, השיב לבקשה זו בחיוב והסכים לקבל חמישה סטודנטים לשילוב באוניברסיטאות ובמכללות בארצו, בתנאי שאלה יידעו גרמנית ברמה מספקת. הוא אף הוסיף שמהלך זה לא יפורסם באותו הזמן, כיוון שדבר זה לא היה מתאים למצב הפוליטי הנוכחי. בתיקי ההתכתבות ישנם עוד כמה מכתבים הנוגעים בדבר, אך לא ברור לגמרי אם הפרויקט התממש עד הסוף. מובן שאירוח סטודנטים ישראלים בגרמניה המזרחית בכלל ובשנת 1960 בפרט היה מהלך לא שגרתי. עצם העובדה שאולבריכט אישר בעצמו עניין כזה, שבנסיבות רגילות לא היה מגיע לשולחן העבודה של מנהיג המדינה, מראה את החשיבות שהפונקציונרים ייחסו למהלך זה. ואולם, מתיקי ההתכתבות של מק"י אפשר ללמוד שפקידי המפלגה הישראלית פנו באותו זמן ובאותו עניין גם למדינות אחרות בגוש הקומוניסטי. ייתכן שבמקרים אלה התפתחו העניינים ביתר קלות, כיוון שלמדינת ישראל היו קשרים דיפלומטיים רשמיים עם כל מדינות מזרח אירופה עד ימי מלחמת ששת הימים, פרט לרפובליקה הדמוקרטית הגרמנית.