היא הייתה מהפכנית מבחירה, ציונית נלהבת, ממקימות "השומר" ואחת משתי הנשים היחידות שהיו חברות בארגון. קשה לחשוב על פעילות ציונית והומנית שלא לקחה בה חלק במסגרת הקמת המדינה היהודית והדמוקרטית שעליה חלמו בנות ובני דורה.
מתוך שלל הפעילויות הללו, עמדה העלייה ארצה – בייחוד של נערות ונערות – והכשרתן לתרום (ולהיתרם) למפעל הציוני בראש מעייניה. בזמן שמרבית בני ובנות דורה ביקשו לחכות או לא ייחסו מחשבה לנושא, ראתה בן-צבי חשיבות עצומה בהעלאת יהודי ערב ל"מדינה שבדרך". כשזיהתה חלון הזדמנויות שנפתח למימוש חלומה הגדול, מיהרה לצאת לפעולה.
היו אלה תוצאות הפרהוד – הטבח הנורא בבגדאד באחד ביוני 1941, שבמהלכו נרצחו 179 מבני הקהילה היהודית, ששיכנעו את רחל ינאית בן-צבי שהאדמה מתחת לרגלי יהדות ארצות ערב בוערת. היות שהגישה לבגדאד נחסמה, "עלה הרעיון להעלות בנות מארצות ערב השכנות – מלבנון ומסוריה".
בן-צבי נפגשה עם הנרייטה סאלד, מנהלת ארגון "עליית הנוער", שוחחה עם ילדים שעלו בכוחות עצמם מסוריה והבטיחה להביא כמה שיותר בנות ארצה להכשרה חקלאית. היא קיבלה מסאלד חמישים סרטיפיקטים (אישורי עלייה שהנפיקו הבריטים) לצורך המשימה. החשש היה שאם היא תקבץ צעירות רבות מדי, יסרבו הבריטים להכניסן ארצה.
מירושלים יצאה בן-צבי לביירות. היא נסמכה על קשרים שקשרה עם ראשי הקהילה בביקורם בארץ ישראל ומיהרה להיפגש עם יוסף פרחי. המתנגדים הרבים ליציאה למסע טענו ש"בבית יהודי בארצות אלו אין נותנים לבת לצאת מפתח ביתה", ולכן סברו שלא תוכל לשכנע את המשפחות לאפשר לנערות לעלות ארצה.
על אף העזרה שקיבלה מפעילי "החלוץ", הארגון הציוני שפעל במחתרת, משימת שכנוע המשפחות אכן התגלתה כמשימה לא פשוטה: אבות רבים היגרו לאמריקה הלטינית והאמהות "מצפות להצטרף עם ילדיהן אל ראש המשפחה מעבר לים, ובינתיים, חרדות להיפרד מהבנות המיועדות לעליה".
"האמהות שומעות שאני רוצה בנות בגיל 14-13, וכבר הן שואלות על עתידן, שכן בגיל 17-16 נוהגות הן להשיא את בנותיהן. אני מרגיעה אותן ומסבירה, שהן תתקבלנה להתיישבות בארץ ושם לא יקשו עליהן להינשא, להקים משפחה ולהעלות את קרוביהן מביירות לישראל".
הייתה זו בדיוק התשובה שלה חיכו המשפחות המודאגות.
כמעט מרגע הגעתה לדמשק נראתה המחתרת של ביירות רדומה וחיוורת בהשוואה לפעילות הציונית התוססת שהתקיימה בבירת סוריה. בן-צבי התרשמה מהרצון העז של הנוער היהודי בדמשק לעלות ארצה, גם במחיר ויכוחים מרים עם הוריהם.
הלהיטות והדחיפות שהפגינה נציגת "עליית הנוער" הבהילה את הפעילים שליוו אותה: הם דרשו ממנה להימנע מלדבר עברית אפילו ברחובות הגטו היהודי. רק בביתו של ראש הקהילה התאפשר לבן-צבי לדבר בחופשיות. היא נאמה בפני המכובדים בעברית ובצרפתית ושמחה לראות כי "רעיון קבלת תלמידות להכשרה בחוות לימוד בארץ מתקבל ברצון". לאחר קבלת האישור פה-אחד, קבעה למחרת פגישה עם תלמידות תיכון.
"כבר בביקורי הראשון הודענו לבנות בכיתות הגבוהות על רעיון העברת בנות להכשרה וללימוד בארץ ישראל. כאשר נשאלו הבנות, אם תרצינה לעלות, הורמו כל הידיים, גבוה גבוה, מתוך התלהבות. בכיתות הגבוהות רוב בנות, ונערים מעטים. הוסבר לי שהבנים נאלצים לצאת לעבודה לתמיכת ההורים. המעטים שהיו בכיתה תבעו מיד את עלבונם – למה? מדוע מעלים רק בנות? מה יהא גורל הבנים? ניסיתי לנחם: "גם זמנם יבוא". בשעת ההפסקה הגדולה הרגשתי, שהבשורה הולכת ונמסרת מכיתה לכיתה. בעברי בחצר ננעצו בי העיניים, ומאות-מאות של ילדים וילדות נמשכו אלי וקראו לעברי: "פלשתין, פלשתין, ארץ-ישראל!"
לאחר שהסדירה בן-צבי את ענייני העלייה בדמשק פנתה לחלב, לשם הגיעה בנובמבר 1943. כבר בהגיעה נדהמה מהמיקום שבו נבנה בית הספר לבנות – הוא היה צמוד לבית בושת סורי אותו פוקדים חיילים בכל שעות היממה. היא הטיחה בכעס בפני מנהלת בית הספר ש"כל השכונה הנה סמל של גולה שכולה".
כמו בביירות, נואשה בן-צבי לפגוש בקהילה הדוברת עברית דלה. ושוב, כמו בביירות, היא האשימה דווקא את היישוב העברי, שלא השכיל לשלוח עזרה למורים המעטים והמסורים של הקהילה.
"בבוקר יום השישי מורגשת תכונה לקראת קבלת השבת בחלב. היהודים ברחובות משכו תשומת ליבי במילים: "ערב שבת! ערב שבת!" וגם בכיתות בית-הספר, בנמוכות כבגבוהות, מכל עבר! "ערב שבת!" גם אלה שמילמלו צרפתית וגם אלו ששחו בערבית, מכל עבר! ערב שבת! אף ליבי נמלא אווירה של השבת. האין זכותה של השבת כזכות התורה? האם היא לא ששמרה על הגחלת מני אז ועד הלום? אומנם ערב שבת, אך שעתי כה דחוקה! מן ההכרח היום, בערב שבת, לכנס את המועמדות שהחלו להירשם באליאנס, בג'ימיליה ובבחסיתה. וכבר קבעתי בוועד כינוס הורים לאחר סעודת-השבת".
בן-צבי מספרת על הלחץ הכבד שהופעל עליה בבקשה לקבל בנות רבות ככל האפשר: "והרשימה גדלה והולכת, ובוכות בנות ובוכות אמהות, ופתאום – הפכו כולן בנות 14. גם זו שקרובה, אולי לגיל 18 וזו שלא הגיעה לגיל 12".
מתוך ייאוש קבעה בן-צבי "שאת הגיל נקבע, אך ורק על-פי תעודת לידה" ואת הנערה בגיל המתאים בחרה לפי קריטריון ברור: "אם תתאים להכשרה חקלאית וללימודים עיוניים". כדי לא לפספס אף מועמדת מתאימה, ראיינה בן-צבי כל מועמדת פוטנציאלית בעצמה.
את הנערים והמבוגרים שפגשה בחלב עודדה לעלות ארצה באופן בלתי לגאלי, כיוון שלא היו בידייה אישורים אלא לחמישים נערות בלבד. היה זה אותו המסר שנשאה בביירות ובדמשק לפניה. מחלב יצאה בן-צבי חזרה לביירות, ובה הסדירה בעזרת פרחי את קיבוצן של הבנות משלוש הערים. את חלקן ליוותה בן-צבי בעצמה ואת חלקן ליוו פעילים אחרים. כל הבנות נקלטו ב"עיינות", בפתח תקווה ובנחלת יהודה. לא רחק היום ורבות מהן הפכו מורות לעברית ופעילות עלייה בעצמן. הן עשו את המסע חזרה לקהילותיהן וסייעו לבני משפחותיהן לעלות בעצמן ארצה.
עד סוף חייה התגאתה רחל ינאית בן-צבי בפעילותה, ובעיקר – בהישגי העולות והעולים הצעירים שסייעה להעלות ארצה (במסע הזה ובדרכים אחרות). אולם, תהייה אחת נותרה בעינה: "לי, לעצמי לא מובן הדבר, איך יכולנו להזניח עד כה קהילות יהודיות אלה שכה קרובות לנו? דמשק, הנמצאת מרחק שעה אחת מגבול ארץ-ישראל, ביירות השוכנת במרחק שלוש שעות מחיפה!"
